广州市番禺中心医院感染科是原番禺区中心医院感染性疾病科，科室始建于1990年，是中南地域感染医学专科联盟、广东省艾滋病专科联盟及广东省肝病专科联盟成员单位。是番禺区感染医学研究所和番禺区中心医院感染医学中心核心科室。目前感染性疾病科已成为番禺地区乃至广州南部规模较大、治疗手段齐全、诊治规范，集预防、医疗、教学和科研为一体全面发展的学科。

感染性疾病科为番禺区结核病、艾滋病、重症登革热、新冠肺炎等传染病定点收治科室，承担着番禺区突发传染病的救治任务。曾荣获广东省、广州市“抗非”先进集体、广东省“三八”红旗集体、番禺区抗疫先进集体。每年门诊量约为50000人次，年住院病人约1500人。科室设置床位48张（含8张负压病床）。

感染性疾病科共有医护人员38人，其中博士研究生1人，硕士研究生6人。职称分布为高级职称8人，中级职称12人，初级职称18人；2018年获得国家临床药物试验（GCP）传染病学专业资质，已开展多项专业临床试验。

目前感染性疾病科设有亚专科4个。分别是肝病、结核病、艾滋病、发热查因。擅长重型肝炎、药物性肝炎、自身免疫性肝病、酒精性肝炎、肝硬化（失代偿期）、慢性乙型肝炎、慢性丙型肝炎、急性戊型肝炎、不明原因肝功能损害、不明原因黄疸、肺结核与肺外结核、结核性胸膜炎、结核性脑膜炎、结核性盆腔炎，艾滋病合并各种机会感染、艾滋病患者的全程管理，新冠病毒感染、突发传染病、布鲁氏菌病、恙虫病、流行性出血热等不明原因发热及复杂疑难感染等诊治。