广州市番禺区第二人民医院外科由普通外科、泌尿外科及胸外科组成；外科全体医护人员，在技术上积极开拓、全面发展，在服务上专心专注、提升内涵，致力于为辖区居民提供更舒适、更安全的优质医疗服务。

科室拥有乔牌腹腔镜系统、司迈等离子电切系统、输尿管软镜系统、光电钬激光治疗仪等设备。

泌尿外科常规开展手术如下：

经尿道输尿管镜钬激光（气压弹道）碎石取石治疗输尿管结石、经皮肾镜治疗肾、输尿管上段结石（PCNL）、腹腔镜输尿管切开取石、经尿道前列腺电切术（TURP）治疗前列腺增生症、经尿道膀胱肿瘤电切术（TURBT）、肾癌根治术、膀胱癌根治回肠代膀胱术、腹腔镜下肾上腺肿瘤切除术、腹腔镜下肾囊肿切除术、腹腔镜下精索静脉高位结扎术。