航空工业三六三医院脑外科是省重点专科，医院重点专科。拥有进口神经内窥镜、手术显微镜、全自动开颅动力系统等高新设备。

医院配有的细胞刀、数字减影血管成像系统、西门子螺旋CT机、核磁共振和西南第一台旋转式头部伽玛刀和中国第一台全身伽玛刀等进口大型设备，为该科各项业务开展奠定了良好基础。专设监护病房，对危重病人重点监护。

近年来，重点开展了锁孔手术切除颅内肿瘤，神经内镜治疗脑积水，立体定向手术治疗帕金森氏病，皮层电极监测下的癫痫手术等医疗新项目。

常规开展各种脑外伤、脑血管病、颅内感染、先天性畸形、脑中风、脊髓损伤、脊髓肿瘤、椎间盘突出、颅内各部位肿瘤及大脑瘫的手术治疗，此外，还开展了延颈交界区肿瘤、巨大听神经瘤、脑室内肿瘤的切除术及颅内动脉瘤夹闭术等“三甲”医院开展的各种手术，以及脑血管病的介入治疗。

同时开展了立体定向手术和立体定向放射外科的治疗工作航空工业三六三医院脑外科的科研课题“颅内病变神经内镜微创手术的临床研究”获成都市科技进步三等奖。该课题被鉴定专家组评价为“该技术处于西南同类研究中领先地位，达到国内同类研究的先进水平”。“神经外科孔微创手术的临床应用研究”已获四川省卫生厅立项，手术病例已达200余例。