中山大学附属第六医院胃肠外科（广东省胃肠病学研究所）暨广东省结直肠盆底疾病研究重点实验室，位于中山大学附属第六医院（广东省胃肠肛门医院）内，下设中心实验室、分子诊断实验室、数据库、组织库、实验动物中心等，总面积约6000m2，仪器设备总价值超过5000万元。研究所实行课题负责人（PI）制度。
研究所围绕国家重大疾病防治方针政策，结合广东省切实需求，整合中山大学在胃肠疾病领域领先的学术优势和丰富的临床资源，积极开展对外交流合作。研究所始终立足于胃肠疾病防治的科学前沿，结合基因组学、蛋白组学和生物信息学等多学科先进的研究手段，深入开展胃肠疾病防治领域的系统研究，大力推动科研成果在临床的转化与推广，为我国在胃肠疾病防治提供更可靠的科学依据。
研究所短期立足稳步发展，长远力争成为国内一流、国际知名的胃肠疾病研究中心，为我国胃肠疾病防治领域培养高层次、高质量的专业人才，促进医学科学的进步和发展，更好地服务于社会、服务于人民。