吉林市中心医院儿科历史悠久，于2014年成立儿科疾病诊治中心，涵盖儿内科及儿外科两大系统，共有5各部门，分别是儿科门急诊（含传染病诊区）、儿科一病区（儿内一科）、儿科二病区（儿内二科）、儿科三病区（儿外科）及新生儿科（NICU），擅长儿科常见病、多发病、疑难病的诊治。其中儿内各科室共有医生35人（主任医师6人、副主任医师5人、主治医师6人、医师18人），其中硕士研究生7人，护士79人。科室配备了呼出气一氧化氮测定仪，广泛应用于儿童支气管哮喘的诊治评估，并在吉林市科技局成功立项。