牡丹江医学院附属第二医院眼科是牡丹江地区眼科疾病的重点科室。科室人员梯队结构合理，现有主任医师（教授）1名，副主任医师（副教授）1名，主治医师（讲师）2名，住院医师（助教）2名；其中硕士研究生3名。主管护师（讲师）2名，护师（助教）2名，护士2名。

科室开放病床20张，年门诊量超过10000人次，年手术量约800台次。科室仪器设备先进，拥有目前先进的AMO白星超声乳化仪，玻璃体切割仪、Topcon手术显微镜，免散瞳照相机，眼底荧光血管造影仪，科医人眼底激光系统，电脑视野检查仪，全自动电脑验光仪等大、中型眼科检查与治疗专用设备。下设白内障、眼底病、斜视与弱视、屈光、泪道病、眼整形、青光眼、角膜病等专业组，其中白内障、眼整形、泪道病专业组是眼科传统的优势专业。

自1990年在牡丹江市率先开展现代白内障囊外摘除联合人工晶体植入术，1998年开展小切口囊外摘除联合人工晶体植入术，2007开展先进的超声乳化联合折叠式人工晶体植入术，并承担了“百万贫困白内障患者复明工程”，为近2000名患者成功复明，赢得社会广泛赞誉。科室注重学术交流和合作，先后有4名医生前往北京、天津、哈尔滨等地学习和深造，并邀请省内外知名专家来我院讲学和指导，大大提升了科室的业务能力。成功举办了“白内障超声乳化培训班”、“眼底病诊断治疗新进展研讨会”等培训项目。本科室还承担了牡丹江医学院大学本科理论教学及医学生临床实习工作。