哈尔滨市儿童医院心胸外科专业成立于1993年，目前东三省唯一的小儿心胸外科专业。目前科室拥有医生7人，其中主任医师1人，副主任医师3人，住院医师3人。科室拥有先进的心胸外科设备，专业技术力量雄厚。目前完成先心病手术1500余例，发表SCI文章4篇，核心期刊文章10余篇，省、市课题9项。心内直视手术最小体重2.3kg，非体外循环最小体重1.09kg。最小年龄生后两天。并成功开展新生儿床头旁PDA结扎术，2014年应用ECMO技术，抢救三次心脏手术的法鲁氏四联症患者获得成功，新开展的二氧化碳术区充溢技术在国内处于领先地位。2016年与哈尔滨医科大学合作共同完成世界罕见的Cantrell五联征手术。目前能够完成房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭、肺动脉狭窄、法洛四联症、肺静脉异位引流、房室管畸形、单心室、大动脉转位等多种先心病的手术治疗，手术成功率达98%以上。与呼吸内科、肺功能检查室、支气管镜室、超声室、CT室等开展多项合作。目前科室小儿心胸外科已广泛开展各年龄段、各种先天性肺部疾病、重症肺炎的综合治疗及心肺重症创伤等手术包括：创伤性心脏破裂、肺破裂修补术，创伤性膈肌破裂、消化道破裂修补术，创伤性气胸、血气胸及多发肋骨骨折的胸腔闭式引流术及固定术。微创先天性肺囊腺瘤、先天性肺隔离症、肺叶切除术、肺段切除术、肺肿瘤切除术，微创纵隔肿瘤切除术、微创肺活检术、膈疝微创修补术、膈膨升修复术、食管裂孔疝微创修补术，微创漏斗胸、鸡胸矫形术，微创胸腔积液、脓胸纤维板剥脱术等。经胸壁微创小切口完成手术，具有不损伤胸骨、创伤小、位置隐蔽、美观及恢复快等优点，在一定程度上可减轻对患儿将来的心理影响，给孩子一个健康、幸福的未来。