哈尔滨医科大学附属第二医院神经外科分为五个病区。
一、神经外科一病区
神经外科一病房，是哈尔滨医科大学附属第二医院神经外科的发祥地和培养神经外科人才的摇篮，始建于1959年，是黑龙江省“211工程”重点建设学科和省重点学科、博士学位授权点、哈医大二院院一流学科，首批全国神经外科专培基地，是国家神经系统疾病临床研究中心-神经系统疾病专科联盟成员单位、国家神经疾病医学中心脑肿瘤多学科协作组成员单位、东北地区脑胶质瘤诊治联盟中心、中国医师协会神经内镜医师培训基地、中国垂体腺瘤协作组委员单位、国家卫健委推广项目颅内血肿微创清创术临床协作单位、国家老年疾病临床医学研究中心脊柱微创联盟分中心，开展并完成了黑龙江省首例术中唤醒功能区胶质瘤切除术，开展了脑胶质瘤关键分子病理标记物检测技术，破裂动脉瘤的诊疗、胶质瘤的诊疗、前颅窝跨中线巨大肿瘤的手术治疗荣获黑龙江省和卫生厅新技术应用一二等奖。现已经发展成为国内外享有盛誉的医疗、教学、科研中心。
神经外科一病房是集手术、化疗、药物临床试验等于一体的脑胶质瘤诊疗中心。杨立庄教授、蒋传路教授、杨海城教授先后担任神经外科和科室主任。在现任主任杨海城教授带领下，科室共有医生12名，包括主任医师4人、副主任医师5人、主治医师3人，全部医学博士学历，其中博士研究生导师3人、硕士研究生导师8人，护理团队14人，目前神经外科一病房床位数72张，年门诊量近5000人，病房年收治患者近2000人，每年完成各类神经外科手术超过1500例，诊疗范围主要包括：脑胶质瘤、脑膜瘤、脑转移癌、垂体瘤、听神经瘤，脊髓椎管内神经鞘瘤等常见颅脑脊髓肿瘤；面肌痉挛、三叉神经痛、舌咽神经痛等常见颅脑神经功能性疾病；脑积水、小脑扁桃体下疝畸形等常见颅脑先天性疾病；脑血管畸形、脑血管动脉瘤等常见颅脑血管类疾病；脑出血、颅脑损伤等神经危重症；颈腰椎间盘突出、脊膜瘤等常见脊柱脊髓类疾病。
特色诊疗
1.神经肿瘤包括功能区脑胶质瘤唤醒手术、多模态岛叶胶质瘤手术、黄荧光引导术中导航及彩超下高级别胶质瘤切除手术及神经肿瘤MDT多学科综合诊疗为专业特色。
2.颅脑神经功能性疾病包括面肌痉挛、三叉神经痛、舌咽神经痛电生理监测下MVD手术。
3.复杂颅底区脑膜瘤包括枕骨大孔区、岩斜区、斜坡区、颈静脉孔区、海绵窦区肿瘤切除手术。
4.幕下肿瘤包括前庭窝神经鞘瘤电生理监测下“保面、保听”手术。
5.复杂脑血管疾病包括巨大动脉瘤、烟雾病等的颅内外血管搭桥手术。
6.微创神经内镜治疗垂体瘤、颅咽管瘤、鞍结节脑膜瘤及脑积水、脑出血。
7.癫痫病灶切除术中Mapping、EcoG。
8.微创治疗脊柱脊髓类疾病如颈腰椎键盘突出、脊髓栓系、脊膜瘤等。
科教创新
神经外科一病房一贯重视临床、科研与教学齐头并进，相互促进。近年来在国际顶级期刊、神经外科顶级专业期刊、知名核心期刊发表学术论文百余篇，主持包括国自然重点项目、国自然面上项目、省部级课题数十项，获得黑龙江科技进步奖、中华医学科技奖等奖项。承担本科生、硕士研究生、博士研究生、国际留学生的教学工作，并主持多项省部级教育教学课题，获“互联网+”大学生创新创业大赛省金奖。
神经外科一病房全体医护人员秉承“精益求精、尽善尽美”，“用心”对待每一位患者的诊疗、每一项科研创新和每一位人才培养。
二、神经外科二病区
神经外科二病房成立于2003年，历经二十余载，神经外科二病房已经成为哈医大二院垂体瘤治疗中心，科室专业设置齐全，技术力量雄厚。在处理和解决疑难杂症和重症方面处于国内领先地位。科室现有床位66张，医生11人，其中主任医师4人、副主任医师6人、主治医生1人。博士生导师2人，硕士生导师3人。科室重视人才培养，老一辈知名专家老当益壮，中青年专家年富力强，年轻医师迅速成长。90%的高级教师有在国外学习和进修的经历。
自2003年10月神经外科二病房建立以来已经收治病人20000余例，完成各类手术10000余例，积累了丰富的临床经验。其中具有代表性的有：经胼胝体穹隆间入路切除颅咽管瘤，具有全切率高，并发症少等特点。经单鼻孔蝶窦入路切除垂体瘤，手术安全性高，神经症状轻微，疗效好，费用低；远外侧经髁入路切除脑干腹侧及颈静脉孔区肿瘤，具有手术牵拉轻，副损伤小，全切除率高等优点；坐位经幕下小脑上入路切除松果体区病变，经CPA锁孔入路行三叉神经痛微血管减压术和面肌痉挛手术疗效可靠，损伤轻微，深为广大患者接受。
同时，科室拥有众多先进的仪器设备为医疗工作提供了可靠的保证：德国ZEISS公司NC4型神经外科专业显微镜是目前国际上最先进的手术显微镜之一。德国蛇牌脑室内窥镜是进行微侵袭神经外科的必要设备，借助于它通过极小的切口就可以处理脑室内的疾病，如脑室内囊虫和囊肿等，还可以行三脑室造瘘治疗脑积水，从而避免了常规的大切口开颅，明显减小了副损伤。此外，科室拥有一支经验丰富的护理队伍，精心的护理为患者康复保驾护航。
科室设有危重病人观察室，对重症患者能做到24小时持续密切观察病情，从而可以及时发现病情变化，第一时间挽救患者生命。
科室承担大量教学任务。承担哈尔滨医科大学五年制医大本科生、研究生、临床七年制的教学工作，是哈尔滨市住院医师规范培训基地。在完成繁重临床工作任务的同时，科室重视开展科研工作，研究内容覆盖了神经系统肿瘤疾病的主要领域，开展以临床为导向的科学研究，临床与基础研究相辅相成，促进学科水平的提高。同时科室突破常规，开展多个新治疗方向，成立了脊髓病专科组，脑缺血性疾病外科治疗组，科室对胶质瘤的综合治疗进行了重要的探索，并进行了广泛的临床应用，使我科对胶质瘤患者针对病因的个体化治疗达国内领先水平。
三、神经外科四病区
神经外科四病房自2012年成立以来，一直以提供一流的诊疗技术，细致贴心的护理支持，凭借出色的精细化科室管理，秉承“尽职、尽责、尽善、尽美”的科训，锐意进取、开拓创新，尽一切努力为所有患者提供最专业的医疗服务和最具人文关怀的就医环境。尽职尽责的医疗服务体系神经外科四病房具有专业合理的医生团队构成，共9名医生，其中主任医师3人，副主任医师3人，8位医生具有博士学位。神经外科四病房拥有技术全面经验丰富的叶伟主任，经鼻蝶窦垂体瘤手术“炉火纯青”的李仙锋副主任和北京学成归来的马东营副主任。
现科室推行常规治疗与特色治疗并重的医疗服务理念，常规开展颅脑损伤、高血压脑出血、颅内肿瘤（如颅咽管瘤、听神经瘤、胶质瘤、脑膜瘤等）、椎管内及脊髓肿瘤、颅内动脉瘤、脑血管畸形等疾病的诊治。特色方面，我们开展包括功能性神经外科疾病的治疗（如三叉神经痛的减压术、面神经痉挛的微血管减压术等）、保护脑运动区及深部脑区显微手术。建科以来我们有计划地以选拔和派出学习的方式培养了一批科室的年轻生力军，未来将在脊髓疾病、颅内动脉搭桥等方面开展特色医疗。护理团队16人由王悦娜护士长带领，其中拥有本科以上学历12人。为满足各类护理需求提供了有效合理的病房规划和具有人文关怀的护理服务。
尽善尽美的精细科室管理神经外科四病房将精细化管理摆在与医护工作同等重要的战略高度。从整齐划一的物品摆放、近乎“洁癖”的保洁工作，到简洁规范、细致入微的患者入院全程管理。从管理中要效率，从细节中体现尽善尽美的管理理念。神经外科四病房在建科伊始即在全院崭露头角，2013年全院平衡计分卡测评位列第一。由于秉承“尽职、尽责、尽善、尽美”的医疗服务与病房管理理念，慕名而来的患者络绎不绝，我科连续三年在手术量、患者量增长和患者满意度方面名列前茅。锐意进取的科研创新团队“一流的人才才能打造一流的科室”，叶伟主任坚信“终生学习”是一个科室保持年轻、持续进步的“活水源头”。
在专业技术上，科室肯投入，人才肯刻苦，不追求“立竿见影”，但求“日积月累、勤学苦练”，“不积跬步，无以至千里；不积小流，无以成江海”，从而形成了神经外科四病房将创新与学习作为前进动力的发展观。“科研要来源于临床问题，科研成果要回归临床应用”，叶伟主任早年在匹兹堡大学医学院的留学经历给科室科研创新建设提供了“接地气”的主攻方向和高屋建瓴的广阔视野。我科承担国家自然科学基金项目3项，黑龙江省自然科学基金项目1项，省卫生厅项目2项，省教育厅项目2项。
发表SCI收录论文12篇，在国家级、省级刊物发表论文数十篇。令人欣喜的是，2015年王悦娜护士长从护理工作中汲取的灵感进行科研转化申请的专利项目，在第19届北京国际科技产业博览会上得到表彰和高度赞扬。真正做到来源于临床，回馈于临床，“问渠哪得清如许，为有源头活水来”。厚德载物的科室文化底蕴哈尔滨医科大学“木直中绳，厚德载医”的校训深深影响着神经外科四病房的科室文化。
患者的诉求是我们改变的动力：为保持空气流通，患者会使用杂物将病房窗户卡住，神经外科四病房干脆自费为所有窗户安装固定器；医院统一配备的桌椅在使用挪动中会划伤地面，神经外科四病房又自费为地板打蜡，为椅子腿配上硅胶皮套；过去患者都不爱与有气管切开的患者同病房，一怕有味二怕脏，神经外科四病房为气管切开患者单独划分了病房，专门为墙体粉刷了儿童乳胶漆，方便擦拭，另外每天两次紫外线灭菌，严格做好感染控制；家里没有的垃圾水瓶，病房也没有，家里没有的烟头，病房也没有，一切以家的视角和标准去要求。“严肃工作，快乐生活”，神经外科四病房多次组织医生下基层，到田间，一面与基层医生教学相长，一面纵情于山水之间。大医至简，大善至美。神经外科四病房全体医护人员秉承“尽职尽责”的工作作风，为患者“尽善尽美”的康复奉献一切力量。
四、神经外科五病区
哈医大二院神经外科历史悠久，科室专业设置齐全，技术力量雄厚，在全国久负盛名。在学科带头人蒋传路教授和主任郭冕教授的带领下，神经外科五病区以“精准、定向”为诊疗特色，注重学科资源和功能的优化与整合，加强医疗安全与规范的落实，重视医疗创新的引领作用，加强国际国内业务交流与合作，坚持面向患者的服务理念，精进特色专业技术和管理，培养团结协作的科室文化，致力于打造以功能神经外科为龙头的精品专科，全心全意的为患者提供高水平的医疗服务，在完成神经外科常见病、多发病诊治的基础上逐渐形成了自己的特色，其中功能神经外科疾病的治疗成为神经外科五病房的专项，深受广大患者的认可。
神经外科五病区现有床位50张，医生7人，其中主任医师/教授2人、副主任医师/副教授2人、讲师/主治医师3人，博士生导师1人，硕士生导师1人，各级护理人员22人。科室年收治患者1400余人，年手术1200例。
特色诊疗
神经外科五病区专家荟萃，人才聚集。在主任郭冕教授的带领下，科室在诊疗技术上精益求精，不断寻求突破。除了开展常规脑肿瘤等四级手术，在省内率先开展脑深部电刺激（DBS）和脊髓电刺激（SCS）促醒手术治疗慢性昏迷的病人，开展颈七神经移位治疗偏瘫，SCS手术治疗糖尿病足。
在省内率先引进了Sino神经外科手术机器人，可以完成立体定向深部脑出血和脑脓肿钻孔引流术、立体定向脑活检术、安置Ommaya囊治疗颅内囊性病变、DBS手术等高难度的手术治疗，其中由郭冕教授主刀的DBS手术，具有可调控、可逆、微创治疗的优势，已成为目前公认的治疗帕金森病和梅杰综合征等疾病的有效治疗手段，临床手术效果显著。特别是他主刀的黑龙江省首例阿尔兹海默病手术治疗，更是开创了治疗新纪元。
经过郭冕主任不断创新改良术式，极大提高手术效果，整体有效率达90%，是国内神经外科开展LVA手术最早、例数较多的中心之一，处于领先地位。科室副主任王晓峰教授致力于功能神经疾病的研究，开展了长程脑电监测、术中电生理监测、三叉神经球囊压迫术等多项技术。赵哲峰教授开展微血管减压治疗面肌痉挛及三叉神经痛，效果良好，病例不断增多。李洋教授开展常压脑积水微创腰大池腹腔分流术，避免了脑室穿刺。科室在垂体瘤、胆脂瘤、脑室内肿瘤、脑膜瘤、三叉神经痛、面肌痉挛、脑出血等神经内镜手术上具有优势，临床效果满意。
教学科研
科室承担了大量的科研教学任务和多项国家自然基金科研课题，每年有多篇高质量的文章发表并被SCI收录，负责哈尔滨医科大学五年制本科生、“5+3”研究生、硕士研究生、博士研究生和国际生的教学工作，是中国神经外科住院医师和专科医师规范化培训基地、东北地区脑胶质瘤诊治联盟医院、国家神经系统疾病专科联盟成员单位、县级医院骨干专科医师培训神经外科学专业基地，黑龙江省“211工程”重点建设学科和省重点学科、博士学位和硕士学位授权点，哈尔滨医科大学附属第二医院“一流学科”。在2022年复旦大学《中国医院专科声誉排行榜》中，获得神经外科提名医院第16位。