上海市公共卫生临床中心胸外科，是以肺结核、肺结节、肺癌、食管癌、胸部创伤等为主的科室，其中结核外科（难治性肺结核、脓胸、纵隔淋巴结结核等）和结核骨科等特色专科在全国有较大影响力。

目前科室设置了肺外科组、脓胸组、食管纵隔组、结核性骨科组、内镜介入治疗组等亚专业学组。此外，胸腔镜手术比例达90%以上，主要针对肺结节、肺癌、气胸、肺大疱、肺结核球、肺良性肿瘤、脓胸、纵隔肿瘤、食管肿瘤等开展单孔或者小切口辅助的微创外科和微创伤手术。

对于肺部结节利用术前精准定位、三维重建等技术，开展3D胸腔镜下精准肺段切除、亚肺叶切除，降低手术创伤，并常规开展毁损肺、肺结核球、支气管胸膜瘘、结核性支气管狭窄、结核性支气管扩张、结核性脓胸或包裹性积液、肺部干酪灶、肺曲菌球等的外科治疗。

近几年，科室采用微创外科技术治疗空洞性排菌性肺结核，特别是对复杂、复合型结核病的外科手术适应症、手术时机和手术方法等积累了丰富的临床经验。胸外科已开展肺癌、食管癌、胸腺瘤手术及恶性胸水和顽固性胸水的外科治疗；采用手术、化疗、放疗、靶向治疗、免疫治疗、热灌注、消融等综合治疗措施，延长肿瘤患者的生存期。