复旦大学附属华山医院呼吸科始建于1956年，美国留学归来的汪敏刚教授担任科主任，组建内科呼吸组，首创支气管哮喘防治中心，除开展药物防治研究外，率先确定上海地区常见哮喘和过敏性鼻炎的过敏原，并建立标准化临床诊疗方案。
1979年，华山医院呼吸组担任上海老慢支临床组组长单位，开展老慢支防治工作；首创“自身疫苗”，后称气管炎菌苗和核酪防治支气管哮喘，荣获了科技成果奖。1975年起，诸君龙教授任科室主任以来，正式建立亚专业齐全的综合呼吸科，通过开展过敏原皮肤试验及脱敏治疗，脱敏品种进一步扩大。
1983年科室承担卫生部课题《制定外源性变态反应性肺泡炎诊断标准及处理原则》，并负责起草诊断标准。1986年起，科主任朱惠如教授牵头成立全院呼吸机的集中管理组，负责协助全院的呼吸相关危重症患者抢救工作。
1999年起，科室先后在陈小东教授、金先桥教授、张文宏教授以及现任李圣青教授担任科主任以来，科室先后成为中国肺癌联盟肺部小结节早期诊断分中心、上海市肺血管病诊疗中心、慢性气道疾病防治中心、肺部疾病介入诊疗中心、国家标准化肺血管中心（示范单位）等，并牵头积极推动建立了华山医院“院内VTE电子预防体系”。
2020年初，PCCM科李圣青教授带领医护团队整建制接管武汉同济医院光谷院区重症监护病房（ICU），团队创造数项“首例”记录——首例气管插管，首例ECMO置入术，首例主动脉内球囊反搏术（IABP），首例ECMO撤机，首例气管插管拔管……在实践中总结出危重症新冠肺炎多学科救治的华山模式，得到国务院副总理孙春兰的肯定，进一步推动科室呼吸危重症诊治能力（ECMO技术）的发展。
PCCM科在总院、虹桥院区、浦东院区、宝山院区均常规开展门诊与病房工作。病房开放床位超80张，含普通病房、RICU。
PCCM科是国家PCCM规范化培训优秀基地、PCCM专修基地以及肺功能单修基地。常规开展呼吸气道诊治与肺血管介入诊疗，建立了从呼吸疾病早期预防到终末期肺病管理的呼吸系统疾病“促-防-诊-治”体系。
门诊设置：
门诊常规开设有特需门诊、普通专家门诊、肺癌MDT门诊（联合胸外科、放疗科、病理科、放射科）、普通门诊、专病门诊。
专病门诊包括：
慢性阻塞性肺病、支气管哮喘、肺栓塞与肺动脉高压、间质性肺病、肺结节、呼吸睡眠、戒烟等专病门诊。
科室诊疗特色-亚专科
肺血管病诊疗与介入：
呼吸科目前是上海市医学会呼吸病学专科分会肺血管病学组组长单位。学科带头人李圣靑教授长期从事肺栓塞与肺动脉高压、肺血管炎等肺血管病的诊疗工作，并率先在上海呼吸病研究所成立肺血管病研究室。
在多学科诊疗合作模式下，科室积极推动并建立华山医院VTE电子预防体系。联合心内科、肾内科、风湿免疫科、血管外科、介入科、放射科、超声科等多学科团队对肺栓塞、肺动脉高压、肺血管炎、肺心病等肺血管病进行诊疗，积极推动开通急性肺栓塞诊治绿色通道。
PCCM科已常规开展心肺运动试验、右心漂浮导管检查、肺动脉造影、经皮动脉球囊扩张成形术（BPA）、肺栓塞溶栓/碎栓/取栓术、肺动脉支架植入、肺动脉腔内活检术、肺动静脉瘘封堵/栓塞术、肺动脉内异物取出术等肺血管介入技术。
呼吸危重症：
1991年起，呼吸科朱惠如教授牵头成立了全院呼吸机管理组，负责协助全院的呼吸衰竭相关危重症患者的抢救工作，极大地提高了危重患者的抢救水平。
后来，呼吸科张斯为教授一直带领全科担负全院呼吸衰竭相关疑难与危重症患者的会诊工作，有力保障了此类患者的生命安全。近年来，随着各类呼吸疾病危重患者收治量的不断增加，尤其是新冠疫情期间对重症救治能力提出了新挑战和新要求，呼吸危重症救治能力建设也反映出一个呼吸科的综合救治水平。
李圣青教授整合科室力量，成立呼吸危重症亚专科，常规开展重症患者救治的相关诊疗技术：床旁气管镜、常规（与保护性）肺泡灌洗术、机械通气、血流动力学监测、床旁超声、转运呼吸机、体外膜氧合（ECMO）等等，呼吸科呼吸危重症的救治能力得到了极大的提高。
气管镜介入
呼吸科拥有普通纤维支气管镜、荧光支气管镜、超声支气管镜（包括外周超声探头）、冷冻治疗仪、高频电氩气刀工作站等设备。呼吸介入团队在慢性气道疾病、肺部肿瘤、气道异物、间质性肺病、胸膜相关疾病等疾病方面诊疗经验丰富。
常规开展支气管检查+肺泡灌洗液术、活检、刷检、经支气管肺活检术（TBLB）、超声支气管镜引导下的经支气管针吸活检（EBUS-TBNA）、经支气管超声导引鞘引导的经支气管肺活检术（EBUS-GS）、经支气管镜热消融术、高频电烧灼术、等离子体凝固术、冷冻切除/活检术、气道内金属支架植入术、异物/金属支架取出术、可弯曲内科胸腔镜、内科胸腔镜下胸膜固定术与粘连带松解术等三四级呼吸介入技术。
对于复杂的良恶性气道病变，常规开展全麻下的支气管镜活检、冷冻、电凝、良恶性气道狭窄的介入治疗、支架植入、球囊扩张等诊疗技术，以及经皮肺CT定位下肺穿刺活检术、CT引导下肺部病灶热消融技术等。逐步形成经气道、经皮多途径的呼吸介入诊疗技术。
肺小结节：
呼吸科作为中国肺癌联盟肺部小结节早期诊疗分中心之一，利用我院同步国际的综合平台优势，联合胸外科、影像科广泛开展高危人群的低剂量螺旋CT肺癌筛查，专注于肺部微小结节（<5mm）、小结节（6-10mm）、结节（<3cm）和肿块的早期诊断与鉴别诊断。通过“隐球菌乳胶凝集定性和定量试验”，术前筛查潜在隐球菌感染；联合胸外科单孔胸腔镜手术，实现肺小结节的精准与微创治疗。
肺癌精准诊疗与多学科综合管理：
呼吸科是最早开展肺癌组织活检小标本全外显子二代测序与ctDNA突变监测的医院之一，率先建立肺癌患者的PDX-PDC模型，进行体外药物筛选，实现肺癌患者的个体化精准治疗；最先开展肺癌组织的PD1与PDL1检测以及肿瘤突变负荷（TMB）检测。科室建立肺癌患者电子注册登记系统和肺癌生物样本库，极大地推动了肺癌的临床与基础研究。
科室依托华山医院国际一流的胸外科、神经外科、射波刀中心、伽马刀中心和国内最早、经验最丰富的PET-CT中心和分子病理诊断中心成立多学科协作临床诊治平台，为肺癌患者提供全流程、国际标准化的多学科联合管理诊疗模式（MDT），提供最优治疗方案。
间质性肺病：
李圣青担任科室主任以来，积极推动PCCM间质性肺病建设。联合放射科、病理科、康复医学科等科室组建多学科诊疗的专家队伍，从间质性肺病（ILD）临床表现、影像学特征到病理学诊断形成“诊断-治疗-随访”一体化管理体系。
李圣青教授及其团队在不同类型ILD，包括特发性、药物/感染/辐射/职业暴露相关、风湿免疫相关、肺泡蛋白沉积症（PAP）、肺郎格罕斯细胞组织细胞增生症（PLCH）、结节病、肺淋巴管平滑肌瘤病（PLAM）等诊疗方面经验丰富。
呼吸睡眠：
呼吸科拥有标准化的睡眠监测病房5间，监测仪器含4台多导睡眠监测仪和6台便携式睡眠监测仪，为睡眠呼吸障碍相关疾病与慢性呼吸衰竭患者提供筛查、早期诊断、规范化多学科（呼吸、神经、精神）治疗与长期跟踪随访等一体化服务：包括基于物联网的远程筛查服务，家庭便携式监测仪诊断服务，多导睡眠仪精准诊断与病情评估，最佳无创正压呼吸机的选择与压力滴定，基于物联网技术的远程最佳无创正压呼吸机压力滴定服务，基于物联网技术的远程长期管理服务。
对于多种原因所致慢性呼吸衰竭患者，我们可提供家庭氧疗和无创辅助通气治疗，包括持续气道正压（CPAP）、双水平正压（biPAP）和自动滴定正压（APAP）呼吸机。同时我们会针对不同病因导致的慢性呼衰患者制定个体化的肺康复计划，帮助患者最大程度的恢复肺功能和改善运动耐量和生活质量。
呼吸慢病与肺康复：
科室依托复旦大学附属华山医院的“国家老年疾病临床医学研究中心”平台，设立慢性呼吸系统疾病专病门诊；国际标准的电子化患者临床信息管理数据库；呼吸慢病生物样本库和呼吸生理与肺功能评估实验室。在慢性阻塞性肺部、支气管哮喘、慢性咳嗽等方面积累了丰富经验，通过实施“四早：早发现、早诊断、早治疗、早康复”策略，最大限度地提高患者生存质量。
科室联合华山医院康复医学科建立呼吸科医师、康复医学科医师、物理治疗师、呼吸治疗师等青年骨干团队,开展了呼吸慢病、重症肺炎等早期肺康复会诊模式，通过肺康复评估、干预、预防一体化，积累了丰富的肺康复经验。
呼吸生理与肺功能评估：
呼吸科目前拥有6台配备常规肺功能、体积描记、气道反应性、呼吸肌力测试系统的肺功能仪与4台呼出气一氧化氮测试系统，可进行常规肺通气功能、肺弥散功能、气道阻力、体积描记、呼吸肌肌力检测、呼吸中枢功能测定、支气管激发试验、支气管舒张试验、呼出气一氧化氮测定、心肺运动实验等项目。
为判断肺功能障碍程度、术前肺功能评估、健康体检、劳动力鉴定、运动康复计划制定等方面提供依据。科室为患者提供便捷、人性化的诊疗服务。
教学与人才培养：
复旦大学附属华山医院呼吸与危重症医学科是内科学（呼吸病专业）硕士与博士学位授予点。PCCM科目前拥有3名博士研究生导师，硕士生导师2名，1名客座教授，正高职称者5名，副高职称者5名，目前在读博士研究生5名，在读硕士研究生4名。
承担复旦大学医学院本科、7年制硕士、八年制博士内科学、诊断学教学任务。华山医院是上海最早一批住院医师规范化培训基地，呼吸科积极参与内科培训基地的带教与考核工作，平均每年培养与带教200余名内科基地培训学员，PCCM科作为最早一批呼吸专科培训基地，目前在培专科基地学员3名，并定期开展业务学习、专科培训指导和呼吸临床研究。
科室每年吸引大量来自华东地区乃至全国的疑难、危重呼吸病患者，提供了丰富的教学资源，也为进修医师来科室参观学习提供了良好平台。
科室研究成果：
PCCM科是华山医院国家老年慢病研究中心慢阻肺研究的重要成员，是中国肺癌防治联盟肺结节诊治分中心之一。PCCM科建立了国际标准的、信息全面、永久保存和实时调阅和检索的患者生物样本库，同时建立了信息全面的患者临床信息数据库和呼吸慢病管理云平台，以及肺癌多学科联合诊治团队和临床药理基地等平台建设。
科室以华山医院中心实验室为依托，联合复旦大学生物化学与分子生物系代谢与分子医学教育部重点实验室和国家重点学科复旦大学-基础医学院生理与病理生理学系，成立了呼吸疾病基础研究团队，主要研究方向：呼吸慢病发病机制与微生物组学研究；肺癌驱动基因与靶向耐药研究；肺动脉高压发病机制研究与靶向药物研发。
近年来，在李圣青主任带领下，主持国家自然科学基金面上项6项、牵头主持上海市申康临床三年行动计划项目1项、主持国家重大新药创制分课题1项、主持国家“十一五”科技支撑计划子课题1项、主持军队2110重大课题l项、主持上海市科技重大专项子课题1项、上海市“科技创新行动计划”医学创新研究重大专项课题1项、复旦大学新冠专项课题1项、华山医院人才引进专项课题等。
科研经费资助累积近900万元。主编书籍包括《肺血管病及疑难病例解析》、《呼吸与危重症医学疑难与危重症病例精选》《呼吸危重症临床实践手册》以及《肺栓塞“一问医答”》科普书籍，参编全国普通高等医学院校五年制临床医学专业“十三五”规划教材《内科学》、第16版《实用内科学》、《整合野战内科学》、《肺动脉高压》、《临床常见疾病合理用药指南》、《肺血管病学》和《医学发展考》。发表各位期刊论文100多篇。
申请发明专利、实用新型专利超10项。发表呼吸慢病、肺栓塞、肺动脉高压和肺癌相关研究论文100余篇，其中SCI论文超50篇。主编专著2部，参编专著10余部。申请发明专利超10项。参与10项全国多中心I、Ⅱ、Ⅲ临床研究。