复旦大学附属儿科医院普外、新生儿外科包括普外科和新生儿外科。
普外科：复旦大学附属儿科医院普外科自1958年复旦大学附属儿科医院成立小儿外科专业以来就是其重要核心部分。
经过60年几代人的不懈努力，目前已发展成为在医教研上都具有重要影响力的小儿外科专业。2002年，获准成为上海市小儿外科疑难重症诊治中心，2013年成为小儿外科“国家临床重点专科建设”单位，2017年成为上海市小儿外科重点学科（重中之重）。连续十年荣获“全国最佳医院和最佳专科声誉排行榜”的专科排名第二名。
肝胆外科：为全世界最大的胆道闭锁诊治中心，年均单中心诊治病例数约200-300例。作为牵头单位，组织编写了《大陆地区胆道闭锁临床诊疗专家共识》，多次主办全国肝胆疾病学习班及胆道闭锁国际论坛；设立中国胆道闭锁协作网；开发胆道闭锁筛查识别手机软件；研发胆道闭锁基质金属蛋白酶（MMP-7）联合检测试剂盒和诊断试纸，使得胆道闭锁早期诊断准确率超过95%。
每年组织“小金人”俱乐部活动，指导胆道闭锁患儿、家长进行治疗、康复。
作为率先在国内开展小儿肝移植手术的科室，科室每年联合完成亲体移植手术30-50例，总体生存率超过90%。国内率先在儿童专科医院锺独立开展十二指肠镜（ERCP）操作，进行顿挫型胆管扩张症、胆总管结石、良性胆管狭窄、胆瘘、慢行胰腺炎等的治疗，正逐步成为特色技术。门静脉海绵样变（Rex分流术，脾肾分流术、断流术、套扎等）、门静脉畸形（Abernethy）的手术综合治疗等方面处于国内领先水平。
肛肠外科：在国内率先开展后矢状入路先天性直肠肛门畸形手术,每年完成高位直肠肛门畸形及泄殖腔畸形（一穴肛）20-40例，成功举办全国先天性肛肠畸形学习班,已形成从手术，病理诊断到肠道管理的全面诊疗体系，并积累了丰富的肛肠畸形再手术经验。先天性巨结肠及类缘病、短肠综合症STEP延长术等治疗具备一定特色。
微创技术：除开展传统腹腔镜治疗先天性胆管扩张症、巨结肠、高位无肛、食道裂孔疝、先天性食道狭窄等疾病的初诊治疗和再手术，也开展各种单切口腔镜技术，多人次获得全国中青年医师微创手术比赛大奖。
近年来开展了内镜下手术治疗消化道畸形的新技术，开创了无创手术的新模式，如内镜下气道食道瘘夹闭术、十二指肠膈膜内镜切除术、内镜下食管括约肌切开术（POEM）、内镜下先天性肥厚性幽门狭窄（G-POEM）、急性阑尾炎内镜引流取石等均处于国内领先水平。
科研教学：普外科为国内最大的小儿外科住院医师及专科规范化培训基地之一，作为博士点和重点学科，每年培养许多临床和科学研究人才，并为国内、特别是中西部地区小儿外科医师队伍输送有生力量。
专科拥有正高6名，博士生导师3名，硕士生导师3名，是太平洋小儿外科医师协会理事会主席单位（中国大陆唯一），中华医学会小儿外科委员会常委单位，中华医学会上海分会小儿外科委员会副主委单位，拥有《中华小儿外科杂志》与《临床小儿外科杂志》副主编，在国内外占有重要的学术地位。
专科连续5次获得卫生部临床重点项目资助。本专业承担的国家自然科学基金，卫生部临床重点项目，教育部，上海市科委等科研项目共90余项，经费约1500多万元，居于全国领先水平。
学术成绩：依托医院分子生物实验室、复旦大学各院系及中科院实验室，开展各项研究，共获中华科技奖等国家、省部级奖18项，发明专利4项，实用新型专利3项。
近5年发表论文300余篇，其中SCI收录近百篇，居于全国同行业领先水平。主编《实用新生儿外科学》，《临床小儿外科学――新进展、新理论、新技术》，《住院医师规范化培训儿外科示范案例》、《小儿外科学》（研究生及规培教材）等多部著作。
新生儿外科：复旦大学附属儿科医院新生儿外科是国内最早开展新生儿外科疾病临床诊疗与科研工作的单位之一，为小儿外科国家临床重点学科，曾是中华医学会小儿外科分会新生儿学组单位，目前也是中华医学会小儿外科分会青委副主任委员单位。
经过近几十年的发展，新生儿外科依靠自身强大实力，目前已成为新生儿复杂畸形的国家诊疗中心，也是国家儿童医学中心出生缺陷诊治中心及上海市出生缺陷防治重点实验室依托科室之一。
科室组成：目前新生外科病区有固定床位20张，周转床位10张。科室团队建设合理，共有主任医师2名，副主任医师2名，主治医师1名，博士生导师2名，硕士生导师1名，每年培养新生儿外科专科医师及研究生5-7名。
诊疗特色：在新生儿特别是早产儿及低出生体重儿先天性食道闭锁、先天性肠闭锁、胎粪性腹膜炎、先天性直肠肛门畸形、新生儿梨状窝囊肿、新生儿巨结肠、新生儿淋巴管瘤、新生儿腹腔占位性病变、新生儿骶尾部畸胎瘤、新生儿胆总管囊肿、先天性膈疝、先天性腹裂及先天性脐膨出等畸形的临床诊治与术后并发症的再手术治疗水平处于国内领先并达到国际先进水平。
目前对于短肠综合征、肠衰竭及假性肠梗阻形成了自己特色的诊治模式，多数患儿最终脱离了肠外营养。
产前诊治：依靠自身的技术优势，并依托我院实力雄厚的新生儿重症监护室（NICU）,同时与复旦大学附属妇产科医院，上海市第一妇婴保健院，国际和平妇幼保健院等多家产科医院紧密联系，建立了上海地区完备的胎儿消化道与腹腔结构畸形产前会诊、生后转运与救治网络，形成学科交叉和卫生资源共享，并将这一成熟的多学科诊治模式成功推广至了全国，与全国多个产科建立了产前会诊及生后转移制度。
平均每年收治全国及上海的产前诊断的新生儿约30-50名，大大提高了该类新生儿外科疾病救治的成功率。
技术优势：技术创新一直是科室引领国内新生儿外科发展的巨大推动力，因而我们开展了一系列国内“首次”或“第一”的新技术。
在国内率先开展后矢状入路肛门成形（PENA）术治疗先天性直肠肛门畸形；率先在国内成功开展新生儿经肛门一期巨结肠根治术（SOAVE术）；在国内首先应用延期手术的理念救治重症膈疝；在国内首先开展腹裂一期无缝修补术；国内首先开展先天性中位无肛新生儿期经骶会阴一期根治术；率先在国内开展新生儿微创手术治疗先天性食道闭锁、先天性膈疝，肠闭锁，先天性巨结肠，胆总管囊肿，腹腔占位性病变等。
国内首次开展长段食道闭锁食道牵引一期吻合；国内首先报告子宫外产时处理；国内首先报道新生儿梨状窝手术；率先开展3D打印及计算机辅助成像技术实施联体婴儿复杂畸形分离手术；国内首次开展STEP肠管延长手术；国内率先建立短肠综合征/肠衰竭MDT团队，实现短肠综合征规范化诊治管理；同时也建立了建立新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）诊疗团队。
学术成就：作为牵头单位，先后组织编写了《新生儿坏死性小肠结肠炎外科手术治疗》专家共识、《常见胎儿结构畸形产前咨询儿外科专家共识》等。此外，针对肠造瘘患儿的一种可调性腹腔脏器容纳袋获得了国家专利，并已生产上市，而且获得了第三十三届上海市优秀发明选拔赛优秀创新银奖。科室先后获国家自然科学基金资助4项，在国际及国内权威杂志发表论著50余篇，SCI收入20余篇，主编《实用新生儿外科学》，《临床小儿外科学――新进展、新理论、新技术》等多部专著。