郑州市第六人民医院感染科分为感染一科、感染二科、感染三科、感染五科。
感染一科成立于2000年7月，是我省最早收治艾滋病患者的专科病区，是医、教、研全面发展的科室。目前科室医生9名，护理21名，其中高级职称3名，中级职称8名。硕士研究生6名，本科21名，大专3名，床位编制45张。
科主任赵清霞，是国家卫生健康委艾滋病医疗救治专家组专家、河南省艾滋病诊疗质量控制中心主任委员、郑州市第六人民医院感染学科首席专家。在赵清霞主任带领下，科室人员临床诊疗技术精湛，擅长艾滋病相关机会性感染、抗病毒方案的选择及艾滋病相关危重症的救治，具备国内一流的救治技术，在医院多学科支持下，满足了艾滋病患者综合医疗需求。新冠感染防控初期，感染一科不畏风险、勇挑重担，第一批成立隔离病区收治新冠确诊患者，新冠疫情实行“乙类乙管”后，感染一科圆满完成了高危因素新冠感染患者的救治工作。
除临床救治工作外，感染一科积极开展科学研究。参加了国家“十一五”、“十二五”、“十三五”科技重大专项艾滋病课题，参加国内多个艾滋病创新药物的临床临床试验工作。目前在研河南省科技攻关1项，河南省中医药科学研究专项课题1项，正在进行的GCP项目4项。
感染一科还承担着国家卫健委艾滋病临床进修班及郑州市第二层次艾滋病临床专业名医项目培训，参加河南省艾滋病诊疗质控中心对全省各级艾滋病定点医疗机构的巡诊及指导工作，同时积极参加HIV自愿咨询检测、HIV暴露前后预防、艾滋病防治公益宣传等工作。
感染二科成立于2000年，是全国最早收治艾滋病的专业机构，郑州市中西医结合治疗艾滋的重点学科，中医药防治传染病重点研究室（临床基地）建设单位，国家卫生部艾滋病临床培训基地、河南省艾滋病临床治疗中心，是国家GCP中西医结合艾滋病专业机构，2018年河南省首批艾滋病临床医学研究中心。
依托中西医结合的专业优势，坚持西医治疗与中医辨证论治相结合，针对临床防治和学术发展的关键问题，开展理论和临床研究。在针对艾滋病合并各系统机会感染、抗病毒治疗及毒副作用的处理、免疫重建不良等方面制定合理、优化的治疗方案，相继开展了穴位艾灸、穴位注射治疗艾滋病顽固性腹泻；中药直肠滴注治疗艾滋病合并肝损伤；中药内服及封包改善HAART药物毒副作用；冬病夏治的督灸疗法等一系列中医中药治疗艾滋病的手段及方法，提高了临床治疗效果。
收治来自全省各地的HIV/AIDS患者2万余人次。负责全省艾滋病急危重患者的临床救治，负责国家及省市基层工作人员的培训及临床带教。参与承担国家“十一五”、“十二五”、“十三五”传染病防治重大专项课题的研究；主持省市级科研项目15项，获河南省科技进步三等奖2项、河南省医学科学进步一等奖2项、二等奖7项。在艾滋病各种机会性感染的诊治、规范化抗逆转录病毒治疗、药物毒副作用的处理等方面处于国内领先水平。
感染三科位于10号楼2楼，开放床位50张。有医护人员35人，高级职称2人，硕士研究生3人，博士生1人。负责多种传染病的诊治及应对突发、新发传染病及公共卫生事件，主要收治流感、手足口病、猩红热、水痘、腮腺炎、布鲁氏菌病、黑热病、疟疾、出血热、乙脑、流脑、菌痢、狂犬病及不明原因发热等疑难感染性疾病，近三年收治住院布病患者约600例。科室不断学习开展新的诊疗项目、提高诊治水平，诊治经验丰富，处于国内先进水平。承担实习生、进修生、规培生带教工作多年，有丰富的临床带教经验。本科室为呼吸专业药物临床试验基地，已完成及正在进行临床试验10余项，目前开展关于狂犬病毒、肠道病毒、诺如病毒、汉坦病毒等多种病毒研究。撰写医学论文30余篇，其中SCI 4篇。感染三科为河南省输入性恶性疟疾收治基地，手足口病国家卫健委宣贯基地，科室先后被授予郑州市卫生应急先进集体、郑州市三八红旗集体、青年文明号荣誉称号、先进科室等。科主任李三景获得河南省卫健委授予三八红旗手称号、省疾控疟疾防控先进个人等荣誉。
感染五科成立于2016年10月，是一个富有蓬勃朝气而又开拓进取活力的艾滋病综合诊治科室。是河南省艾滋病临床医学重点学科和郑州市艾滋病临床医学重点学科的一部分，承担河南省艾滋病临床治疗中心、河南省艾滋病诊疗质量控制中心、河南省艾滋病临床培训基地、国家卫生部艾滋病临床培训基地等工作任务。科室定位于疑难艾滋病综合救治管理、特殊人群传染病临床诊治、传染病临床教学培训及临床科研等。科室主要诊疗范围包括艾滋病合并各种严重复杂感染、抗病毒药物导致的毒副反应及慢性疾病、HIV感染者抗病毒治疗后免疫功能重建不良，特别艾滋病合并疑难危重症肝病、肺部感染、中枢神经系统病变患者诊治等。
感染五科设置床位49张，现有医生7名，其中主任医师1名，主治医师3名，护理人员17名。科室秉承以人为本、规范诊疗、开拓创新、科学管理、综合救治、防治结合的理念，积极鼓励医护人员参与对外交流与合作、临床科研等，积极创建安全和谐与实效并举、以HIV/AIDS为中心的感染性疾病综合救治平台。