河南省儿童医院内分泌遗传代谢科成立于1996年，是河南省医学重点学科、中国儿童糖尿病协作组成员单位、中国出生缺陷非酒精性脂肪肝防治协作组成员单位，拥有河南省及郑州市儿童内分泌遗传代谢重点实验室等。
专科医生31人，高级职称10人、主治医师18人，在读博士2人、青年才俊3人。开放床位60张，设立青春期医学病房及内分泌遗传代谢病房及青春期门诊、糖尿病及肥胖门诊、小儿妇科门诊、罕见病门诊等，郑东院区、南院区均有病房。
已开展各种内分泌疾病诊疗技术和遗传学检测技术、双能X线骨密度测定、人体体脂成分分析、运动心肺功能评估、实时动态血糖监测等。收治矮小症、性早熟、肥胖、糖尿病、低血糖、电解质紊乱、高血压等各种内分泌疾病及有机酸血症、高氨血症、溶酶体病、线粒体病等各种遗传代谢病。