上海市肺科医院胸外科目前为国家重点临床专科，上海市重点学科，上海市“重中之重”重点学科，至今已实施各类胸外科手术10余万例。作为卫生部指定的全国肺科和胸外科进修基地，连续10年荣获“年度中国医院最佳专科声誉排行榜”普胸外科前三甲。目前拥有8个普通病区，2个特需病区及2个监护病房，床位共525张，26个高水平胸外科手术间，配备有术中CT，术中C臂机，达芬奇机器人等，是上海肺移植工程技术研究中心的依托单位。2021年手术量超过21000例，目前是世界手术量最大的普胸外科中心，微创手术量国际首位。现有副主任医师以上28名，教授及副教授15名，博导11名，硕导12名。目前有全国卫生计生系统先进工作者1人，国家百千万人才工程1人，国自然杰青2人，国自然优秀青年基金2人，973首席科学家1人，973首席青年科学家1人，获得上海医学发展杰出贡献奖1人，上海市五一劳动奖章1人，上海市领军人才2人，上海市医学领军人才2人，中国胸心血管外科杰出贡献奖1人，美国胸心外科学会AATS Member 2人，英国皇家外科学院院士（FRCS）2人。丁嘉安教授、姜格宁教授、朱余明教授，以及陈昶教授均是国内外知名胸外科专家。

该中心以胸部肿瘤的临床诊治为重点，在肺癌、终末期肺病外科治疗、纵隔肿瘤、肺结核、气管外科等方面开展了大量的工作，尤其是近几年在肺癌的综合治疗、微创胸外科手术、肺移植、气管外科以及难治性脓胸等领域取得了新的成绩，确立了学科在国内的领先地位，临床创新技术(单孔VATS、剑突下VATS、气管外科、纵隔肿瘤、胸壁外科)、专利获批、国际会议发言、国自然基金、临床研究数量、SCI论文数量、外籍医师进修以及手术国际转播等均居国内前列，在复旦大学医院管理研究所发布的“中国医院最佳专科声誉排行榜”中，2010-2021年均位列普胸外科前三名，2020-2021年位列普胸外科第二名，中国医院科技量值评价近年来均位列全国前三，2017-2022年全国医院互联网影响力排行胸外科第一名。

在代表胸外科综合技术水平的肺移植领域，开展包括单肺移植，双肺序贯移植，活体肺叶移植（国内首例），肺再移植（亚洲首例），肺移植同期联合双侧肺减容手术（国内首创）以及开展ECMO在危重患者肺移植中的应用。

近年来临床成果多次获得中华医学科技一等奖、二等奖、三等奖，上海市科技进步一等奖等多项临床重大奖项。累计获得国家专利 69项，发明专利11项；实用新型专利58项。全世界范围内最先采用自体带蒂胸大肌肌皮瓣移植和气管节段切除治疗长节段气管肿瘤。亚洲首例带蒂肌皮瓣移植治疗难治性脓胸及支气管胸膜瘘。气管外科创新技术国内最多，首创了新型隆突重建手术，开展人工气管置换术，国内首例自体支气管瓣修补气管成形术，自体肌皮瓣修补气管缺损，自体肋软骨修补颈部气管长段狭窄的术后缺损。

胸外科积极开展国际交流合作，多次在国际顶级大会发言，多次组织国内高水平学术会议，承办大型学习班、建立临床教育培训基地。本中心目前已成为欧洲胸心血管外科协会胸外科骨干医师培训基地，欧洲胸外科医师协会“单孔胸腔镜培训”推荐单位，日本呼吸器协会单孔胸腔镜首选研修基地，卫生部胸外科进修医生培训基地，强生公司、美外公司华东地区临床培训基地，上海市胸外科专科培训基地、以及上海市住院医生培训基地，已通过欧洲内镜培训基地认证。近年来，来自76个国家及地区的800余位高年资医师自发申请、自付费用赴我科进修学习，各地学会主席、科室主任、顾问医生占比1/3，包括两届欧洲胸外科学会主席、国际微创外科学会主席、俄罗斯胸外科学会主席、西班牙胸外科学会主席、菲律宾胸外科学会主席、国际最大心胸外科网站CTSnet主编等。

同时，在国内率先开展全英文交班、查房，临床规范、人文关怀，均与国际接轨。开展国际手术直播，分会场遍布各大洲，美国、加拿大、英国、德国、西班牙、墨西哥等，其中有一半是国际性会议和大洲胸外科学会会议。

此外，胸外科实验室配备专业技术研究员可开展基因及蛋白水平检测，支持肺癌相关研究。胸外科动物实验室能够开展CV、CL、SPF级各类动物实验并配备专业技术人员。肺移植实验室为上海市器官移植重点实验室（肺移植）。针麻研究室为上海市卫生局“针麻肺切除研究一级实验室”。