上海市肺科医院中毒科，是国家首批职业病临床重点专科，主要有理化试验室、职业病诊断组、职业病危害因素检测与评价组、职业健康体检等组成。收治病种包括职业性急慢性化学物中毒，如铅中毒、汞中毒、苯中毒、汽油中毒等；职业性呼吸系统疾病，如职业性哮喘、职业性慢性阻塞性肺病等；耳鼻喉口腔疾病，如职业性噪声聋等。

中毒科具有国内一流的理化检测设备，能开展四十余种体内毒物检测，能满足医教研的需要。依托医院完善的医疗设备，在职业病诊断、治疗抢救、鉴别诊断、职业病致残程度医疗检查、职业健康检查等方面走在全国的前列。

上海市肺科医院中毒科对职业健康检查、职业病诊断程序有严格的管理、监督和复核机制，所出具证明如“职业健康检查结果报告”、“上海市职业病诊断证明书”、“上海市职业病致残程度鉴定病史摘要”等，具有依法保护劳动者、职业病患者及用人单位相关合法权益的作用，为职业病患者提供优质的技术服务。