上海交通大学医学院附属新华医院肛肠外科，是上海市最早独立建制，与国际接轨涵盖所有结直肠肛门疾病诊疗为一体的特色专科。为国家临床重点专科，牵头成立了上海市结直肠肿瘤研究中心及上海交通大学结直肠诊治中心，同时是中国医师协会炎症性肠病专委会组长单位。是华东地区乃至全国极具专业实力和专科技术特色的综合性结直肠肛门疾病诊治中心。目前肛肠外科有临床医师23位，其中高级职称13位，博士生导师2名，硕士生导师4人，12人具有博士学位。科室核定床位数61张，年手术量3000例，年门、急诊病人数超3万人次。科室拥有电子结肠镜诊治、盆底功能检测与肛门直肠失禁治疗平台、腹腔镜微创手术平台，设备先进、功能完善。在结直肠疾病的内镜下诊断与治疗，结直肠癌的手术治疗、微创治疗、多学科联合团队综合治疗、基础研究等方面国内享有盛誉，炎症性肠病的外科治疗水平达到国际水平。医疗特色肛肠外科始终以标准化全过程管理的结直肠癌外科手术与综合诊疗为学科特色，在腹腔镜结直肠癌根治术、低位和超低位直肠癌极限保肛手术、多脏器联合切除结直肠癌根治手术、规范的结直肠癌手术无缝衔接的结直肠癌多学科诊治团队等方面具有明显的特色和技术优势。施行结直肠癌治疗的全程管理与规范术后随访，综合随访数据显示，结直肠癌手术后5年整体生存率达到68%，已经达到西方发达国家生存率水平。2009年上海交通大学医学院附属新华医院牵头交大医学院附属瑞金医院、仁济医院、上海第九人民医院等多家三级医院以及国内结直肠癌高发地区的近40家医院成立了上海交通大学结直肠癌诊治中心，依托优秀的诊治体系和团队，联合攻关，并开设结直肠肿瘤多学科联合门诊，方便患者一站式就诊，解决临床治疗难点痛点。在国内享有很高的知名度。作为国内外知名的炎症性肠病（溃疡性结肠炎、克罗恩病）外科诊治中心之一，肛肠外科自2008年以来陆续接诊了来自全国各地以及港澳台地区的数百例溃疡性结肠炎患者，危重症比例高达50%以上，并率先开展了全腹腔镜无切口全结直肠切除-回肠储袋肛管吻合术，兼顾疾病根治与功能恢复。取得了满意的手术效果，得到了患者的一致认可与好评。肛肠外科在复杂性直肠阴道瘘、直肠尿道瘘、创伤后肛门失禁与肛管狭窄等方面具有独到的外科手术经验。手术方式涵盖了单纯缝合修补术、直肠粘膜瓣推移修补术、自体会阴海绵体肌瓣转移修补术、自体股薄肌瓣转移修补术等各类国际先进修补手术。手术修补成功率70%以上，单纯性低位直肠阴道瘘在非肠造口的条件下首次手术修补成功率达到80%以上。总体诊疗水平达到国内领先，国际一流水平。肛肠外科拥有目前国际最先进的直肠肛门生物反馈治疗仪，在治疗出口梗阻型便秘、肛门失禁、直肠癌术后的直肠前切除综合征等方面具有很高的应用价值。针对痔病、肛周感染与肛瘘、肛裂等常见肛门部良性疾病，肛肠外科开设特色专科门诊。采用多种先进微创技术RPH、PPH、TST等治疗痔病，具有手术时间住院时间短、术后无痛、恢复快及效果好等特点。以微创和保护括约肌为手术设计原则，对于低位单纯肛瘘采用肛瘘切开、肛瘘切除、瘘管剔除或挂线术；对于高位、复杂性肛瘘，术前予直肠压力测定评估肛门功能，并予直肠腔内超声、肛周MRI、CT等探查瘘管走形及内口位置，采用个体化的治疗方案。均取得了满意的疗效。肛肠外科现有2名获得世界造口师协会（WCET）资质认定的肠造口治疗师，肠造口治疗师属于稀缺护理人才，参与病房与门诊患者的腹部肠造口的护理、预防及治疗某些肠造口并发症，护理腹部瘘管、伤口及引流、褥疮、大小便失禁、损伤及皮肤溃疡等。科室于每周开设造口门诊，方便广大患者就诊。