上呼吸道感染是最常见的呼吸道感染性疾病，主要分为普通感冒和流行性感冒。治疗普通感冒的主要目的是缓解症状，例如伪麻黄碱可以缓解鼻塞，抗组胺药物能缓解打喷嚏和流鼻涕症状，解热镇痛药物如扑热息痛可以退热和缓解肌肉酸痛、头痛。流行性感冒治疗的基本原则包括解热镇痛及抗病毒治疗。金刚烷胺，金刚乙胺以及奥司他韦是目前较为常用的抗病毒药物。在上呼吸道感染时，如果没有证据表明存在细菌性并发症，建议不使用抗生素。

支气管肺灌洗的危害有麻醉药物过敏，主要表现为胸闷、心悸等，严重时呼吸抑制，心脏骤停。麻醉不充分，操作不当时可引起喉头水肿与喉支气管痉挛。支气管镜可损伤鼻黏膜及支气管黏膜，从而导致出血。灌洗的过程中，患者频繁的咳嗽，不能保证正常深呼吸或空抽及负压吸引时间过长，可导致低氧血症。一过性发热是支气管肺泡灌洗最常见的不良反应可能与机体应激，灌洗液滞留过多有关。合并有肺气肿、肺大疱及广泛胸膜粘连的患者在行该检查时有发生继发性气胸的风险。支气管肺泡灌洗过程中的刺激可导致心律失常，血压升高，甚至休克等。