并没有男性补肾吃什么药最好的说法，补肾的药物较多，常见的有金匮肾气丸、济生肾气丸、六味地黄丸、左归丸、参茸鞭丸等，需辨证用药。
1、金匮肾气丸
主要由地黄、山药、山茱萸(酒炙)、茯苓、牡丹皮、泽泻、桂枝、附子(炙)、牛膝(去头)、车前子(盐炙)所组成，男性如果存在肾虚水肿、腰膝酸软、小便不利、畏寒肢冷等情况，可以在医生的指导下使用，具有温补肾阳、化气行水的功效。
2、济生肾气丸
主要成分为熟地黄、山茱萸(制)、牡丹皮、山药、茯苓、泽泻、肉桂、附子(制)、牛膝、车前子，具有温肾化气、利水消肿的功效，可用于男性肾阳不足、水湿内停所致的肾虚水肿、腰膝酸重、小便不利、痰饮咳喘。
3、六味地黄丸
主要由熟地黄、山茱萸(制)、牡丹皮、山药、茯苓、泽泻所组成，具有滋阴补肾的功效，可以用于男性肾阴亏损、头晕耳鸣、腰膝酸软、骨蒸潮热、盗汗遗精、消渴。
4、左归丸
主要成分是熟地黄、菟丝子、牛膝、龟板胶、鹿角胶、山药、山茱萸、枸杞子，具有滋补肾阴的功效，可以用于男性真阴不足、腰酸膝软、盗汗、神疲口燥。
5、参茸鞭丸
主要成分为鹿茸、巴戟天、莬丝子(炒)、阳起石(煅)、黑顺片、砂仁、地骨皮、甘草、干家雀、淫羊藿(制)、锁阳、大青盐、韭菜子、狗鞭(烫制)、貂鞭(烫制)、红参、补骨脂(盐炒)等药物。具有补肾壮阳、强精增髓的功效，可以用于男性性欲衰退、肾虚、气弱、阳痿、早泄、遗精及男女一切肾病。
除以上药物外，还可以应用三肾丸、龟鹿补肾丸、强阳保肾丸、复方玄驹胶囊等药物，如果男性想要通过药物来补肾，建议到医院的中医科，完善望、闻、问、切检查，由医生辨证施治。