无痛人流手术虽能减轻术中疼痛，但对身体的影响涉及生理结构、内分泌等多个层面，且严重程度因个体差异而异。
1、生理结构损伤：手术过程中虽采用无痛技术，但仍需通过扩张宫颈、刮除或吸取胚胎组织等步骤进行，可能对子宫内膜造成损伤。若操作不当，还可能损伤宫颈管或子宫肌层，但此类损伤在规范操作下通常较为轻微，且可随时间逐渐修复。
2、出血与感染风险：无痛人流后患者可能出现阴道出血，这是正常现象，但持续大量出血则需警惕。手术过程中及术后若未严格遵循无菌操作原则，可能增加感染风险，如子宫内膜炎、盆腔炎等，若不及时治疗，可能对身体造成更严重的损害。
3、内分泌紊乱：妊娠的突然中断会导致体内激素水平发生急剧变化，进而影响内分泌系统的平衡，部分患者可能在术后出现月经不调、闭经等现象，严重者甚至可能影响生育功能。
4、心理影响：无痛人流手术不仅是对身体的挑战，也是对心理的一次考验，手术前后的紧张、焦虑情绪以及对手术结果的担忧，都可能对女性的心理健康造成一定影响，若未得到及时的心理疏导，可能发展为长期的心理问题。
虽然不常见，但无痛人流手术也存在一定的远期并发症风险，如宫腔粘连、子宫内膜异位症等，可能严重影响患者的生殖健康和生活质量。