酒苁蓉和肉苁蓉在多个方面存在区别，包括炮制方法、功效等。其中肉苁蓉具有补肾助阳、润肠通便的效果，酒苁蓉与肉苁蓉相比，主要是增强了补益肾阳的效果。使用时也应在医生或中医师的指导下进行，以确保安全性和有效性。
1、炮制方法
- 肉苁蓉多于春季苗未出土时采挖，除去花序，切段，晒干，切片备用。制作过程相对简单，主要是将根茎切片晾干后制作而成。
- 酒苁蓉多为取切好片的肉苁蓉，加入黄酒拌匀，置炖罐内，密闭，隔水加热炖透，或置适宜的容器内蒸透，至酒完全被吸尽，表面黑色时取出，干燥后即为酒苁蓉。酒苁蓉的制作过程相对复杂，需要经过酒制处理。
2、功效
- 肉苁蓉具有补肾助阳、润肠通便的功效。主要用于治疗肾阳亏虚、精血不足、阳痿、早泄、宫冷不育、腰膝酸痛、痿软无力、肠燥津枯便秘等病症。还能调理月经，缓解肌肉酸痛、宫寒、不孕等症状。
- 酒苁蓉经过酒制后，加强了补益肾阳的功效，同样具有润肠通便的效果。多用于治疗阳痿、早泄、不孕不育，以及肾阳亏损引起的阳虚便秘等疾病。酒苁蓉在加工完成后保留了肉苁蓉的大部分营养，服用后能吸收大量生物碱、氨基酸以及多种微量元素与维生素，能被人体吸收，并且提高人体器官的功能性，加强体质。
3、禁忌
- 肉苁蓉对于阴虚火旺及便溏泄泻者忌服，热结便秘者也应避免使用。此外，肉苁蓉不能和五味子、巴戟天、熟地等药材一起食用，体内经血亏损的人也不宜服用。
- 酒苁蓉除了上述肉苁蓉的禁忌外，对于酒精过敏者也应忌用酒苁蓉。
在服用酒苁蓉或肉苁蓉期间，应注意改善个人饮食，如避免食用麻辣烫、辣串等辛辣刺激的食物，以免影响药效。若正在使用其他药物，应告知医生或药师，以确保安全。