核酸的Ct值是指循环阈值，所谓Ct值是在PCR(聚合酶链式反应)过程中，荧光信号开始由本底进入指数增长阶段的拐点所对应的循环次数。
尽管平台期DNA拷贝数波动很大，但Ct值却相对固定，如果用不同浓度的模板DNA做PCR，可以看出模板DNA浓度越高，Ct值越小。模板DNA浓度每增加1倍，Ct值则减小1个循环，Ct值与模板DNA的起始拷贝数成反比。
在实际操作中，Ct值是在基线上方产生可检测到的统计学上显著荧光发射时所对应的PCR循环次数。阈值高度的量化定义是基线范围荧光信号强度标准偏差的10倍，阈值所在的横线与PCR扩增曲线的交点所指的PCR循环数就是Ct值。
基线范围的定义是从第3个循环起到Ct值前3个循环止，其终点要根据每次实验的具体数据进行调整，一般3-15个循环之间。早于3个循环时，荧光信号很弱，扣除背景后的校正信号往往波动很大，不是真正的基线高度。
而在Ct值前3个循环之内，大多数情况下荧光信号已经开始增强，超过了基线高度，也不宜当作基线来处理。
Ct值取决于阈值，阈值取决于基线，而基线取决于实验的质量。Ct值是1个实验客观的参数，Ct值越小，模板DNA的起始贝数就越多，Ct值越大模板，DNA的起始拷贝数就越少。临床上较多疾病都可以通过PCR技术来检测，如新型冠状病毒感染。