近亲结婚大多会影响三代。但是从法律上讲，我国《中华人民共和国婚姻法》明确禁止直系血亲和三代以内旁系血亲之间的亲属结婚的，属于强行性规定，若是违反此规定的法律行为属于无效的法律行为，即不会产生婚姻关系的效力。
从科学角度来说，近亲结婚大多会影响三代，主要是容易使不利于生存的隐性有害基因在后代中相遇，从而影响后代的身体健康成长，即近亲结婚很可能会生出身体、智力异常的孩子。常见的近亲结婚可能会发生的危害有白血病、智力低下、先天畸形、多基因遗传病等。
1、白血病
近亲结婚三代内的夫妻生育的后代患上白血病的可能性要比一般非近亲结婚的高很多，而患上鱼鳞病的几率也比较高。
2、智力低下
近亲结婚三代内的夫妻生的孩子出现智力异常的几率要比较高，而且严重程度也比较严重。
3、先天畸形
近亲结婚夫妻生的孩子出现早产、胎儿畸形的情况比较多，比较轻微的也可能有多指或者并指等。
4、多基因遗传病
近亲结婚夫妻生的孩子患上先天性心脏病、脊髓裂变等多基因遗传病的概率比较高。
近亲结婚可能会对孩子的影响比较大，因此，男女婚配生育子代，种族基因相差较远，可以优化种族。