托莫西汀对大脑通常不会有明显的害处，用药前应了解该药物的作用机制、功效以及适应证，在医生的指导下用药，不可盲目服用。
托莫西汀能够选择性抑制去甲肾上腺素的突触前转运，增强大脑去甲肾上腺素功能，从而改善注意缺陷多动障碍的症状，间接促进认知的完成和注意力的集中，不会对大脑产生危害。
该药物为精神兴奋药，用于治疗儿童和青少年的注意缺陷和多动障碍，可以改善神经系统障碍引起的症状，达到改善注意力与多动的临床症状的作用。因此不仅不会对大脑产生不良影响，反而有助于改善大脑功能。
但是服用该药物可能会产生胃肠道反应，如口干、恶心、食欲下降等。还有皮肤和皮下组织异常，常见皮炎、多汗、皮疹；偶见过敏反应、瘙痒、荨麻疹。重度高血压、心力衰竭、动脉闭塞性疾病、心绞痛等患者禁用，大脑有严重损伤的患者也要禁用，避免服用后加重病情。
此外，服用托莫西汀时要注意与司来吉兰、利奈唑胺等单胺氧化酶抑制剂存在药物交互作用，所以要尽量不要与这类药物一起服用。如果在过程中出现不良反应，应立即前往医院就医接受治疗。