病毒与细菌的主要区别在于形态大小不同、细胞结构不同及繁殖方式不同等，细菌较大，一般在0.5-5微米间，有完整细胞结构；而病毒极其微小，直径在10-300纳米范围，无细胞结构，细菌通过二分裂繁殖，速度快；病毒则通过复制方式，利用宿主细胞资源进行繁殖。
1、形态大小不同：
- 细菌通常比病毒大，细菌的大小一般在0.5-5微米之间，用光学显微镜就能看到，例如大肠杆菌，其长度约为2微米。
- 病毒极其微小，多数病毒直径处于10-300纳米的范围，需要借助电子显微镜才能观察到，像流感病毒直径约为80-120纳米。
2、细胞结构：
- 细菌是单细胞生物，具有完整的细胞结构，它们有细胞壁、细胞膜、细胞质等基本结构，细胞内还有拟核。
- 病毒没有细胞结构，简单的病毒粒子包括核酸和蛋白质衣壳，复杂的病毒粒子在核衣壳之外还有包膜结构，如艾滋病病毒的核心是RNA，外面包裹着一层蛋白质衣壳，最外层还有来自宿主细胞膜的包膜。
3、繁殖方式：
- 细菌主要通过二分裂方式繁殖，一个细菌细胞分裂为两个基本相同的子代细胞，在适宜的条件下，细菌繁殖速度较快，如大肠杆菌在适宜环境中每20分钟左右就能繁殖一代。
- 病毒的繁殖过程称为复制，病毒注入宿主细胞的核酸会利用宿主细胞的原料、酶和能量，按照病毒核酸所含的遗传信息合成新的病毒核酸和蛋白质，然后装配成新的病毒粒子释放出来。
细菌在生态系统中有重要作用，许多细菌是分解者，参与物质循环，将动植物遗体分解成无机物，还有些细菌能与植物共生，如根瘤菌与豆科植物共生，能固氮，病毒在生态系统中的作用比较复杂，一方面，病毒可以控制宿主生物的种群数量；另一方面，病毒在基因传递和生物进化过程中也可能起到一定作用。