不同的胃肠功能紊乱患者病情不同，医生会给予不同的治疗。胃肠功能紊乱常见的治疗方法有调整饮食、改善生活习惯、心理治疗、药物治疗等。
1、调整饮食：少食多餐，避免暴饮暴食，减轻胃肠负担。选择容易消化的食物，如米饭、土豆、蔬菜等，避免过度油腻和刺激性食物。多食用富含维生素和纤维素的水果蔬菜，促进肠胃蠕动，改善便秘等症状。
2、改善生活习惯：养成良好的作息规律，保证充足的睡眠时间。每天坚持适量运动，不仅可以调理胃肠功能，还能提高身体抵抗力。
3、心理治疗：胃肠功能紊乱可能与患者的心理状态密切相关，进行心理治疗，如认知行为疗法、心理疏导等，有助于缓解患者的焦虑、抑郁等情绪，从而改善胃肠功能。患者还可以通过深呼吸、冥想、瑜伽等方式进行放松训练，缓解压力。
4、药物治疗：可以在医生的指导下使用抗酸药、胃肠动力药物等，包括质子泵抑制剂、H2受体拮抗剂、多潘立酮等，促进胃肠道蠕动，减轻胃酸分泌过多所导致的不适感，促进食物的消化和排出。对于伴有细菌等感染的，可以遵医嘱使用抗菌药物 。
对于急性胃炎所诱发的消化道出血等危重病症，可以采取冷盐水洗胃、胃镜下止血等方法进行治疗。