肝藏魂是指肝与人体精神活动有一定关系。魂属精神活动之一，其随神往来，为附气之神，即意识知觉之类，属阳，而肝为阴中之阳脏，故魂藏于肝。
在中医临床上，魂也是精神意识活动的一部分。魂即运动或活动的意思，魂的物质基础也是血，所以魂与肝血的关系较为密切。古人指的魂是能离开形体而存在的精神，因此后来也常把梦游、噩梦、梦语以及其他种种幻觉归于魂的活动。
而肝藏魂出自《素问·宣明五气》，指的是五脏精气化生的精神情志活动藏于肝，体现了精神活动和内在脏器的联系。《素问·灵兰典论》则认为肝还有贮藏血液和调节血量等生理功能，肝的藏血功能正常，则魂有所舍。
肝藏魂不仅是由肝的秉性特点决定，而且还与其物质基础相关，凭借肝藏血充沛的阴血作为物质中介而发生。
因此肝藏魂的理论，为临床在治疗神经系统疾病以及调治肝脏奠定了基础，所用的养血护肝、疏肝理气等治法，被列为调节人体神经方面的疾病的常法，正是在肝藏魂理论的指导下的临证应用。