在中医用药中，山茱萸与吴茱萸名称相近，却有着诸多不同，主要的区别在于性味归经不同、功效作用不同、炮制方法不同等。
1、性味归经不同：山茱萸味酸、涩，性微温，归肝、肾经。其酸涩之性较强，能收敛固涩。吴茱萸味辛、苦，性热，有小毒，归肝、脾、胃、肾经。其性温热且有一定毒性，辛散苦降；
2、功效作用不同：山茱萸以补益肝肾、收涩固脱为主要功效。常用于肝肾亏虚导致的眩晕耳鸣、腰膝酸痛、阳痿遗精、遗尿尿频、崩漏带下、大汗虚脱、内热消渴等症。因其收涩作用，对体虚滑脱之证有较好疗效。吴茱萸则有散寒止痛、降逆止呕、助阳止泻的功效。常用于厥阴头痛、寒疝腹痛、寒湿脚气、经行腹痛、脘腹胀痛、呕吐吞酸、五更泄泻等，尤其对寒凝气滞引起的疼痛有显著缓解作用；
3、炮制方法不同：山茱萸一般是将采摘的果实去核，取果肉干燥后入药。有时也会用酒制，即将山茱萸肉用黄酒拌匀，隔水炖至酒吸尽，晾干，酒制后可增强其温补肝肾的作用。吴茱萸炮制方法多样，常见的有甘草制，将甘草煎汤，加入净吴茱萸，煮至汤液吸尽，晒干，可降低其毒性，缓和燥性；还有盐制，用盐水拌匀，闷润至盐水被吸尽，文火炒干，盐制后可引药下行，增强温肾作用。
准确区分二者，对正确用药、发挥药效十分关键。如果需要治疗疾病，需谨遵医嘱用药。
使用山茱萸和吴茱萸的注意事项
- 山茱萸酸涩收敛，凡命门火炽、素有湿热、小便淋涩者忌服，以免加重体内湿热之邪，影响尿液排泄。吴茱萸性热且有小毒，阴虚有热者忌用，使用后会加重阴虚火旺症状，如潮热、盗汗等。孕妇也应慎用吴茱萸，其温热之性及毒性可能影响胎儿健康。
- 山茱萸和吴茱萸入药时，务必严格遵循医嘱控制用量。山茱萸用量过大可能导致便秘等不适。吴茱萸有小毒，超量使用易引发中毒反应，如腹痛、腹泻、视力障碍等。作为食材使用时，吴茱萸更要严格控制量，因其毒性不可随意大量食用。
- 山茱萸不宜与防风、防己、桔梗等配伍，可能会降低药效。吴茱萸与丹参、川芎等活血药配伍时需谨慎，因其性热，与活血药同用可能使气血运行过于旺盛，引发不适。用药前需咨询医生，了解药物相互作用。