直肠溃疡有自愈的可能性，但在很多情况下，尤其是由慢性疾病或复杂病因引起的直肠溃疡，需要及时就医并接受规范的治疗才能促进愈合，避免病情恶化。
1、轻度刺激
- 如果直肠溃疡是由轻度的局部刺激引起的，例如偶尔的便秘导致直肠黏膜轻度损伤形成溃疡，在去除刺激因素后可能自愈，当便秘改善，粪便不再对直肠黏膜造成反复的摩擦和损伤，直肠黏膜自身具有一定的修复能力，黏膜下层的血管会提供营养物质，黏膜上皮细胞开始增殖，逐渐覆盖溃疡面，从而使溃疡愈合。
2、短期饮食不当
- 短期的饮食不当，如偶尔食用过多辛辣食物引起的直肠黏膜充血、形成小溃疡，在调整饮食结构，改为清淡、易消化饮食，减轻直肠黏膜的刺激后，也有自愈的可能。
3、慢性疾病
- 如果直肠溃疡是由炎症性肠病如溃疡性结肠炎或克罗恩病引起的，通常难以自愈，这些疾病是自身免疫性疾病，免疫系统错误地攻击肠道黏膜，导致持续的炎症和溃疡形成。
- 在没有进行规范的药物治疗，如使用氨基水杨酸类药物、糖皮质激素或免疫抑制剂等的情况下，溃疡会不断发展，随着病情的进展，溃疡会逐渐加深、扩大，还可能导致肠道狭窄、穿孔等严重并发症。
- 由感染引起的直肠溃疡，如梅毒螺旋体感染直肠黏膜引起的溃疡、艾滋病患者合并的直肠溃疡等，如果不针对病原体进行治疗，溃疡也不会自愈，这些病原体在直肠黏膜内持续繁殖，破坏黏膜组织，使得溃疡难以依靠自身修复能力愈合。
直肠溃疡的预防需在饮食上注意避免食用过多辛辣、油腻、刺激性食物，多摄入富含膳食纤维的果蔬，以保持大便通畅，减轻直肠负担。生活习惯方面避免久坐，定时起身活动，规律作息，保证充足睡眠，心理上积极应对压力，保持乐观心态，防止精神紧张影响肠道功能，注意肛门卫生，积极治疗直肠周围疾病，防止炎症蔓延累及直肠黏膜。