急性扁桃体炎发作期间不建议手术，因炎症可能导致术后出血或感染。血液及凝血系统疾病患者、严重全身性疾病患者、传染病流行期间、妇女特殊时期以及干燥性或萎缩性咽炎患者也不宜手术。免疫球蛋白缺乏或自身免疫病家族史患者手术风险较高。对于扁桃体肥大但未影响呼吸、吞咽及语言功能者，可考虑保守治疗。
1、急性扁桃体炎发作：在急性扁桃体炎发作期间，一般不施行手术。因为此时病人通常在发烧，扁桃体充血，手术后伤口容易出血或出现继发感染。通常需要在炎症消退后2-4周再考虑手术。
2、血液及凝血系统疾病：患有造血系统疾病及凝血机制障碍的患者，如再生障碍性贫血、血小板减少性紫癜、过敏性紫癜、血友病、白血病等，一般不手术。因为这些疾病可能导致术后出血不止，增加手术风险。如扁桃体炎症与血液病相关必须手术切除时，应与相关学科紧密合作，采取综合措施，包括输新鲜血液和血小板悬液，使用抗生素等，在充分的术前准备条件下才能施行手术。
3、严重全身性疾病：患有严重全身性疾病的患者，如活动性肺结核、风湿性心脏病、关节炎、肾炎、高血压、心功能衰竭等，在病情尚未稳定时暂缓手术。这些疾病可能增加手术风险，或影响术后恢复。
4、传染病流行期间：在脊髓灰质炎、流感等呼吸道传染病流行季节或流行地区，以及其他急性传染病流行时，不宜手术。主要是为了避免术后感染，以及减少传染病在医疗机构内的传播。
5、妇女特殊时期：妇女在月经期、月经前期和妊娠期，由于生理变化，不宜手术。这些时期女性身体免疫力较低，手术风险较高，且可能影响术后恢复。
6、干燥性咽炎或萎缩性咽炎：切除扁桃体可能加重咽部症状，因此这类患者如非必要不宜切除。
7、免疫球蛋白缺乏或自身免疫病家族史：患者家属中免疫球蛋白缺乏或自身免疫病的发病率高，或患者白细胞计数特别低者，也不宜手术。因为这类患者免疫力较低，手术可能增加感染风险。
还有一些相对不宜手术的情况，如扁桃体肥大但未影响呼吸、吞咽及语言功能者，或慢性扁桃体炎症状较轻、发作不频繁者，可考虑保守治疗而非手术切除。在决定是否进行扁桃体切除手术前，患者应充分了解手术风险和禁忌证，并在医生的指导下做出决策。