如果是进行普通胃镜检查，术中可能会有一些恶心，如果恶心反射较强可能会造成咽部黏膜与镜身摩擦而轻度损伤，可能会有疼痛感觉，不过大多可以耐受。如果是无痛胃镜检查，术中没有任何疼痛，也有术中咳嗽，或活检后出现术后轻微疼痛。
1、普通胃镜检查
在进行普通胃镜检查的时候，主要是进行局部麻醉，患者可以对术中的一些刺激产生反应。胃镜通过喉咙时，可引起恶心、呕吐、疼痛等不适。胃镜进入到胃内观察局部情况，也可能对局部的胃黏膜产生牵拉刺激，引起轻微疼痛。大多数患者都可以耐受这种疼痛，所以不用过于担心；
2、无痛胃镜检查
无痛胃镜检查是指进行胃镜检查的时候会给予全身麻醉，包括使用丙泊酚中/长链脂肪乳注射液、咪达唑仑注射液、盐酸阿芬太尼注射液等。术中患者没有意识，也不会对术中刺激产生不适反应，因而没有疼痛感，但是术后等麻醉药代谢完全，药效消失，患者可能会因为术中咳嗽造成的咽部黏膜擦伤，活检而感觉到一些轻度疼痛，大多也可以耐受。
患者不用过于担心做胃镜会不会疼，即使有疼痛，也比较轻微。如果患者对疼痛比较敏感，可以选择无痛胃镜检查。