钙卫蛋白临床意义，用于检测肠道炎症，区分炎症性肠病(IBD)和非炎症性肠病，监测炎症性肠病活动性。
钙卫蛋白主要存在于中性粒细胞内，具有抗微生物、调节免疫、传递信号等多种生物功能。肠道炎症时，粪便中钙卫蛋白明显增高，与疾病炎症程度有较好相关性，因检测易行，可重复和量化，能客观反映肠道局部炎症。
粪便钙卫蛋白可用于鉴别炎症性肠病与肠易激综合征(IBS)，监测炎症性肠病治疗，并确定哪些病人应进行内镜和(或)结肠镜检查。
钙卫蛋白检测结果在50-120ug/g，应于4-6周复测和确认。增高表明胃肠道中可能存在炎症，但并不明确炎症部位或原因，通常增高的程度与炎症程度相关。
钙卫蛋白增高也见于一些细菌感染、寄生虫感染和结直肠癌，低浓度钙卫蛋白提示可能是非炎症性肠病，如肠易激综合征和胃肠道的病毒感染。在某些情况下，即使存在炎症，钙卫蛋白可能很低(假阴性)，最常见于儿童。
在临床中，钙卫蛋白还可以与乳铁蛋白、粪便隐血试验、粪便培养、粪便白细胞、艰难梭菌毒素试验、红细胞沉降率，以及C反应蛋白等相关项目一起进行检查，有利于诊断疾病。