细菌性结膜炎和病毒性结膜炎是两种不同类型的结膜炎，在多个方面存在一定的差异，主要包括感染微生物不同、临床表现不同、病程与预后不同等。
1、感染微生物不同：细菌性结膜炎由细菌感染引起，常见的致病菌包括金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、绿脓杆菌等。病毒性结膜炎由病毒感染造成，常见的病毒包括肠道病毒、腺病毒等。
2、临床表现不同：细菌性结膜炎主要表现为眼部充血、眼睛出现黄白色脓性分泌物，且分泌物较为黏稠，患者可能伴有畏光、流泪、异物感等症状。病毒性结膜炎分泌物多为水样或浆液性，较为稀薄，还可能出现结膜下出血、淋巴结肿大等症状。
3、病程与预后不同：细菌性结膜炎病程相对较短，一般在1-3周，经过及时有效的抗菌治疗，大多数患者可以较快恢复，预后较好，对眼部造成的损伤相对较小。病毒性结膜炎病程较长且可能迁延不愈，药物治疗效果相对较差，预后较差，因为病程长、炎症重，有时可能导致严重并发症，如角膜溃疡、穿孔等。
4、治疗方法不同：细菌性结膜炎治疗以抗菌药为主，医生会根据患者的具体情况选择合适的抗生素眼药水或眼膏进行治疗。病毒性结膜炎治疗以抗病毒药物为主，还需要注意加强支持治疗，如保持眼部清洁、避免交叉感染等。
上述两种疾病都具有传染性，可通过直接接触、飞沫传播等途径传播给他人，在患病期间应注意个人卫生，避免与他人共用毛巾、脸盆等物品。预防细菌性结膜炎和病毒性结膜炎的关键在于保持良好的个人卫生习惯，如勤洗手、不揉眼等，还应避免与结膜炎患者密切接触，减少感染的风险。