卵巢囊肿术后两年卵巢变小，可能是手术刺激、激素水平变化、年龄因素、卵巢早衰、手术后遗症等，建议及时就医处理。
1、手术刺激：如果患者进行卵巢囊肿切除手术，手术过程中剥离囊肿可能对卵巢造成了一定的刺激，导致卵巢变小，通常无需特殊处理，在术后休养一段时间之后可以逐渐恢复。
2、激素水平变化：卵巢囊肿可能影响卵巢的正常功能，手术后随着囊肿的去除，卵巢激素水平可能会发生变化，从而影响卵巢的大小，无需特殊处理，可以恢复正常。
3、年龄因素：如果患者术后两年进入更年期，已经出现闭经，可能会有生理性卵巢萎缩的情况，无需特殊处理。
4、卵巢早衰：卵巢囊肿可导致卵巢早衰，女性40岁之前出现卵巢功能衰竭，即使进行手术治疗，仍然没有阻止卵巢早衰的发生，患者可能出现此类情况，同时伴有潮热、盗汗和阴道干燥等，遵医嘱使用黄体酮胶囊、戊酸雌二醇片等药物。
5、手术后遗症：如果医生在手术过程中操作不当，损伤卵巢组织及血管，可能导致卵巢变小、萎缩，通常无法恢复正常。
患者术后需要密切关注卵巢的变化情况，并在医生 的指导下进行必要的检查和治疗。同时，保持良好的生活习惯和心态，有助于促进卵巢的健康和恢复。