胃镜检查可以挂消化内科、消化内镜科、胃肠外科、普外科、急诊科等。如果病情不紧急，可选择门诊科室，病情紧急则应选择急诊科。
1、消化内科
胃镜属于消化系统重要诊疗技术，用于食管、胃、十二指肠等相关疾病的诊治，如慢性萎缩性胃炎、胃溃疡、溃疡性结肠炎等，因此选择消化内科比较合适；
2、消化内镜科
消化内镜科医生大多也是消化内科的医生，直接挂消化内镜科有利于挂号后直接进行内镜检查，避免再次挂号排队；
3、胃肠外科
如果患者是由于胃肠息肉、胃癌、肠癌，以及消化道出血、梗阻、穿孔等，建议挂胃肠外科。胃肠外科医生会作出相应的诊治，以及告知是否需要做胃镜检查；
4、普外科
如果医院分科不细，可能没有胃肠外科，则可以到普外科诊治，也可以进行胃镜检查。必要时，还可以在胃镜下进行切除或取活检等；
5、急诊科
如果病情比较急，如比较严重的胃肠出血，量比较大，可以挂急诊科，以便更好地完善检查以及时止血，挽救患者生命。
在进行胃镜检查的过程中可能会有一些恶心不适，大多可以耐受，患者不用过于紧张。做胃镜前患者需空腹6小时以上，术前需遵医嘱使用相应的麻醉药物。如果患者对咽部比较敏感，或心理承受力较低，可以选择全身麻醉，即无痛胃镜检查。