姨妈期服用紧急避孕药虽在特殊情况下可作为紧急避孕措施，但潜在风险不容忽视，从短期激素波动到长期内分泌失调，均可能对女性造成不良影响。
- 紧急避孕药含有大量的孕激素，服用后会在短时间内引起体内激素水平的显著波动，这种波动可能导致月经量突然减少或停止，随后又可能出现撤退性出血，即停药后的几天内再次出血，此情况虽属药物正常反应，但对女性心理及生理感受上可能带来一定不适。
- 由于紧急避孕药对内分泌系统的干扰，长期服用或频繁服用可能导致月经周期的紊乱，包括月经提前、推迟、经量改变等，这种紊乱可能对女性的生活质量和生育计划造成影响，尤其是对于那些需要精确掌握月经周期的女性。
- 紧急避孕药的高激素含量可能扰乱女性体内正常的内分泌平衡，长期或过量使用可能导致内分泌失调，表现为痤疮等皮肤问题、情绪波动、体重变化等，内分泌失调还可能影响女性的生殖健康，如卵巢功能异常、不孕等。
- 对于部分女性，紧急避孕药可能引发更严重的健康风险，如肝功能损害、心血管疾病等，虽然风险相对较低，但对于存在相关基础疾病或高风险因素的女性而言，仍需警惕。
除生理上的影响外，姨妈期服用紧急避孕药还可能给女性带来心理负担和焦虑，对避孕效果的担忧、对药物副作用的恐惧以及对未来生育计划的迷茫都可能增加女性的心理压力。