自身免疫性疾病目前多数无法完全治愈，但通过规范治疗和管理，许多患者的症状可以得到有效控制，病情进展也能被延缓，部分轻症或早期患者甚至能实现长期缓解，提高生活质量。
自身免疫性疾病是机体免疫系统错误攻击自身组织器官所致，病因复杂，涉及遗传、环境、感染、免疫调节异常等多种因素。由于免疫系统的异常调控机制难以彻底纠正，且多数疾病的根本病因尚未完全明确，因此彻底“治愈”存在较大难度。
以类风湿关节炎为例，不及时治疗会导致关节畸形，但通过生物制剂、免疫抑制剂等药物，可显著减轻炎症、延缓骨破坏，使患者维持正常活动能力。系统性红斑狼疮患者经糖皮质激素联合免疫抑制剂治疗后，多数能控制病情，避免重要脏器损伤。
不过，不同自身免疫性疾病的预后存在差异。一些局限性的自身免疫病（如自身免疫性甲状腺炎）若甲状腺功能未受严重影响，可能仅需定期监测，而累及多系统的疾病（如系统性硬化症）则需更积极的干预。
随着医学发展，靶向治疗药物（如针对特定细胞因子或免疫通路的生物制剂）的出现，让部分患者的治疗效果显著提升，甚至在一段时间内无需药物维持。但需注意，停药后仍有复发风险，因此长期管理至关重要。
治疗自身免疫性疾病的核心目标是抑制异常免疫反应、缓解症状、保护器官功能，而非彻底消除病因。患者需在医生指导下规范用药，避免自行停药或调整剂量，同时保持健康的生活方式，以降低疾病活动度。