三岁小孩牙齿有窟窿，可能处于浅龋、中龋、深龋、牙髓炎或根尖周炎等不同阶段，需根据具体情况采取涂氟、补牙、安抚治疗、根管治疗及抗生素治疗等措施。
1、浅龋：如果窟窿较浅，属于浅龋阶段，可以采取涂氟治疗，氟化物能够增强牙齿的抗龋能力，促进牙齿的再矿化，帮助修复早期的龋损，防止龋洞进一步加深。
2、中龋：当龋洞加深，达到中龋程度时，补牙是常用的治疗手段，医生会先去除龋坏的组织，然后选择合适的补牙材料，如树脂、玻璃离子等，填充龋洞，恢复牙齿的外形和咀嚼功能。
3、深龋：若龋洞很深，接近牙髓，可能引发牙髓炎症，可能需要进行安抚治疗，先在龋洞内放置安抚牙髓的药物，观察一段时间，若症状缓解，再进行补牙。
4、牙髓炎：如果龋坏已经累及牙髓，导致牙髓炎，可能需要进行根管治疗，根管治疗需要去除感染的牙髓组织，对根管进行消毒和充填，以消除炎症，保留患牙。
5、根尖周炎：当炎症扩散到根尖周组织，引起根尖周炎时，孩子可能会出现牙齿疼痛、牙龈肿胀等症状，除了根管治疗外，可能还需要配合使用抗生素来控制感染。
在治疗过程中，家长应积极配合医生，确保治疗顺利进行，治疗后，家长应更加注意孩子的口腔卫生，防止龋齿复发。日常减少孩子吃糖果、巧克力等甜食的频率，避免形成嗜甜习惯。