运动脚底起泡对局部进行消毒、进行生活护理以及使用相应的药物等方式进行治疗，如果水泡较大，还需及时至医院就诊，在医生操作下进行处理。
一、日常护理：
1、局部消毒：运动后脚底起泡主要是由于脚底组织受到剧烈摩擦，导致局部组织受损，从而导致组织液渗出形成水泡，如果局部水泡较小，可适当使用碘伏等消毒液消毒后待其自然吸收。
2、生活护理：在日常生活中应避免使用患处长时间行走，尽量减少行走以及跑步等，做好局部皮肤清洁，穿透气的鞋袜等。
二、使用药物：
1、抗生素药物：如果水泡不小心破溃，可及时遵医嘱使用抗生素药物，例如红霉素软膏、莫匹罗星软膏等进行消炎、杀菌治疗，可以预防感染。如果已经出现感染并出现全身发热等症状，还可遵医嘱使用阿莫西林胶囊、头孢克洛颗粒等抗生素药物进行治疗。
2、促进组织修复药物：如果局部组织破损，还可遵照医嘱使用重组人表皮生长因子凝胶、重组人表皮生长因子外用溶液等促进局部组织修复的药物进行治疗，可以加快局部伤口愈合。
3、促进角质剥脱药物：在水泡逐渐吸收后，可能会在局部形成增厚的皮肤组织，如果长时间没有消退，还可遵医嘱使用维A酸乳膏、水杨酸软膏等促进角质剥脱的药物进行治疗。
三、其他：
如果局部水泡较大或长时间没有自己吸收的患者，还可及时就医，在医生操作下使用无菌注射器等将泡液抽吸出体外，之后使用碘伏等消毒溶液进行消毒，以防感染。
如果脚底的水泡较大，可及时至皮肤科就诊，遵医嘱进行治疗。日常生活中还应注意避免长时间走路，穿宽松舒适的鞋袜，做好消毒工作。