清水冲洗能通过物理作用去除部分乙肝病毒，但无法完全灭活或清除深层污染的病毒，其防护效果有限。预防乙肝感染的核心仍是接种疫苗、避免接触患者血液及体液，以及对污染物进行规范消毒，而非依赖水洗本身。
单纯用清水冲洗，若病毒附着在物体表面（如餐具、皮肤），水流的机械冲刷作用可物理性清除部分病毒。例如，被乙肝患者血液污染的皮肤，及时用流动水冲洗，能冲走表面大部分病毒，降低感染风险。但需注意，这并非“灭活”病毒，只是通过水流将病毒从附着处带走。若病毒已渗入物体孔隙（如木质家具、织物），清水冲洗的效果会大打折扣，难以彻底清除。
病毒在水中的存活状态与水温、水质相关，乙肝病毒在20℃的水中可存活数日，在4℃的水中存活时间更长，而高温水能破坏其结构，60℃水中加热10小时或100℃煮沸10分钟可灭活病毒。但日常洗手或冲洗物品多用常温水，此时病毒可能在水中保持活性，若接触到黏膜（如眼睛、口腔）仍有感染可能。此外，自来水中含有的氯等消毒剂对乙肝病毒有一定抑制作用，但家用自来水的余氯浓度较低，短时间冲洗难以完全灭活病毒，仅能起到部分降低活性 的效果。
从实际防护角度看，若接触到可能被乙肝病毒污染的物品，仅用清水冲洗远远不够。正确的做法是先用流动水冲洗去除污染物，再用含氯消毒剂（如84消毒液）浸泡或擦拭，以彻底灭活病毒；医疗器械等高危物品需通过高温高压灭菌。对于皮肤暴露，用肥皂水配合流动水冲洗效果优于单纯清水，因肥皂的去污和乳化作用可增强对病毒包膜的破坏。