儿童阴茎的发育是复杂的过程，其大小受到遗传、生长发育阶段、营养状况等多种因素的影响，在就医时应根据具体情况选择合适的科室，例如儿科、内分泌科、泌尿外科等。
1、儿科：对于大多数儿童阴茎短小的情况，儿科是首诊科室，儿科医生能够全面评估孩子的生长发育状况，包括身高、体重、性征发育等，从而初步判断阴茎短小是否属于正常范围内的个体差异或是由其他潜在疾病引起的。
2、内分泌科：如果儿科医生认为阴茎短小可能与激素水平异常有关，如促性腺激素分泌不足导致的性腺发育不良，可能需要去内分泌科就诊。内分泌科医生会进行详细的激素检查，包括性激素六项等，以明确是否存在内分泌疾病，并据此制定治疗方案。
3、泌尿外科或男科：对于阴茎短小且伴有其他泌尿系统或男性生殖系统症状的情况，如尿道下裂、隐睾等，可以到泌尿外科或男科就诊，能够针对具体情况进行详细的体格检查和必要的影像学检查，以明确阴茎短小的具体原因，并制定相应的治疗方案。
4、遗传咨询科：如果阴茎短小有明显的家族遗传史，或者伴随其他遗传性疾病的表现，可以到遗传咨询科就诊，会对家族病史进行详细询问，并进行必要的基因检测，以明确是否存在遗传性疾病，并给出相应的遗传咨询和生育指导。
5、心理科：阴茎短小可能给孩子带来心理压力和自卑感，如果孩子在成长过程中因此出现心理问题，如焦虑、抑郁等，心理科将提供必要的心理支持和干预。
家长在日常生活中应关注孩子的饮食营养和生长发育情况，避免过度肥胖或营养不良对阴茎发育造成不良影响，要给予孩子足够的关爱和支持，帮助建立正确的性别观念和身体认知，减少因阴茎短小而产生的心理负担。