儿童阴茎疼痛时，选择就诊科室需要根据具体症状和可能的病因来决定，可以选择小儿外科、儿科等科室。
1、小儿外科：如果疼痛是由于泌尿系统的问题引起，如尿道炎、膀胱炎、泌尿系统结石等，通常建议挂小儿泌尿外科，医生会通过尿液检查、超声等手段进行诊断和治疗。
2、儿科：对于一些病因尚不明确，或者疼痛症状较轻，伴有全身其他症状如发热、咳嗽等，可能先挂儿科进行初步的诊断和评估。
3、男科：如果所在医院有专门的男科，且怀疑是与男性生殖系统发育、激素水平等相关的问题导致的疼痛，可以选择男科就诊。
4、皮肤科：若是因为阴茎皮肤的感染、过敏、湿疹等皮肤疾病引起的疼痛，皮肤科是合适的选择。
5、急诊科：如果疼痛剧烈、突然发作，或者伴有严重的症状如休克、呼吸困难等紧急情况，应立即前往急诊科救治。
家长在带孩子就诊前，应详细记录孩子疼痛的开始时间、发作频率、疼痛程度、伴随症状等信息，以便向医生准确描述病情。就诊时要如实告知医生孩子的既往病史、用药情况和过敏史。如果需要进行检查，要配合医生的安排，安抚好孩子的情绪。
在恢复期间，家长需要帮助孩子做好阴茎周围的清洁工作，建议穿宽松透气的内裤，每天都需要清洗更换内裤，并且将洗干净的内裤放在太阳下晾晒，可以帮助减少病原体。