肛拭子采样前首先需要清洁肛周皮肤，进行体位准备，准备后进行润滑、采样，最后进行收集，适用于传染性肠道疾病的诊断。
1、清洁肛周皮肤
由于肛拭子需要从肛门部位采集，明确是否存在致病菌，因此为了减少其他物质的干扰，在采集前需要使用清水清洁肛周皮肤。
2、体位准备
为便于采集，需要充分暴露肛门部位，因此在清洁肛周皮肤后需要采取膝胸卧位或侧卧位等体位。对于全身状况良好的患者，以膝胸卧位为主，但全身状况不佳时以侧卧位为主。
3、润滑
体位准备后需要将无菌棉签放入生理盐水中进行浸润，以润滑棉签头，方便伸入肛门内，从而能够减轻患者的不适感。
4、采样
棉签通常需要伸入肛门2-3cm，并且进行旋转采集局部黏液，以便降低试验误差。
5、收集
最后医生会将采集后的棉签放入缓冲液的试管中，并且进行密封。
医生会将采集后的试管送检，明确是否存在疾病。但患有肛裂、肛周脓肿等患者，不建议进行肛拭子采集，以免刺激患处，引起疼痛感，导致病情加重。