百日咳是由细菌引起的，其病原体是百日咳杆菌。百日咳杆菌是一种革兰氏阴性杆菌，具有较强的传染性。这种细菌主要通过呼吸道飞沫传播，当感染者咳嗽、打喷嚏或说话时，会将含有病菌的飞沫散布到空气中，其他人吸入这些飞沫后就有可能被感染。
- 与病毒感染不同，细菌感染在治疗上通常需要使用抗生素来杀灭病原体。对于百日咳，早期及时使用有效的抗生素，可以减轻症状、缩短病程，并减少传播。
- 虽然百日咳是由细菌引起的，但在感染后的发病机制和临床表现上，与某些病毒感染有一定的相似性，例如感染初期可能会出现类似感冒的症状，如咳嗽、流涕、低热等，容易被忽视或误诊。随着病情的发展，会出现典型的阵发性、痉挛性咳嗽。
- 与病毒相比，细菌的结构更为复杂，具有细胞壁、细胞膜、细胞质和核质等结构。百日咳杆菌的一些特殊结构和成分，如菌毛、荚膜等，有助于其在呼吸道黏膜上黏附、定植和侵袭。
在流行病学方面，百日咳的传播特点也与病毒感染有所不同。百日咳的潜伏期相对较长，一般为7-10天，而且在症状出现后的3-4周内仍有传染性。细菌感染引起的免疫反应与病毒感染也存在差异，对于百日咳杆菌，人体可以产生特异性的抗体来对抗感染，但这种免疫保护并非终身有效，仍有可能再次感染。