治疗神经功能紊乱的药物种类繁多，可以根据不同的症状和严重程度选用不同的药物，常用的有营养神经药物、抗抑郁及抗焦虑药物、镇静助眠药物、中成药等。
1、营养神经的药物：谷维素能够调节植物神经功能，减少内分泌平衡障碍，改善神经紊乱症状。B族维生素对神经细胞的生长、代谢、修复具有重要作用，有助于改善神经功能紊乱。甲钴胺同样具有营养神经的作用，促进受损神经的恢复。
2、抗抑郁、抗焦虑药物：这类药物主要用于治疗神经功能紊乱患者伴有的抑郁、焦虑等不良情绪。但所有药物应在医生指导下使用，避免自行滥用。
3、镇静助眠药物：如苯二氮卓类药物，以及非苯二氮䓬类药物，可治疗严重失眠，适用于神经功能紊乱导致的睡眠障碍。这些药物具有依赖性，应在医生指导下短期使用。
4、中成药：中成药在调节神经功能紊乱方面也有一定疗效，且副作用相对较小。
所有药物都应该在医生的指导下使用，不能擅自用药，以免用药错误对身体造成不必要的伤害。而且药物治疗仅是治疗神经功能紊乱的一个方面，还需要结合生活方式的调整、心理治疗等综合措施。
例如，保证充足的睡眠，避免过度疲劳；摄入足够的营养，避免刺激性食物，同时定期进行适量的身体锻炼，寻求心理咨询或参加支持小组，学习应对压力的方法。