腘窝囊肿的最佳治疗方法需根据具体情况而定，可以选择保守治疗、穿刺抽吸、药物治疗、手术治疗、康复治疗等方式。
1、保守治疗：对于较小且无症状的腘窝囊肿，可先采取保守治疗，如休息、避免过度活动、使用支具等，通过减少膝关节的压力，有可能使囊肿自行消退，可配合物理治疗，如热敷、按摩等，促进局部血液循环。
2、穿刺抽吸：在超声引导下进行穿刺抽吸，可暂时缓解囊肿引起的症状，当囊肿较大，压迫周围组织引起疼痛、肿胀时，穿刺抽吸可抽出囊液，减轻压力，但这种方法复发率较高，通常作为辅助治疗手段。
3、药物治疗：对于合并有炎症的腘窝囊肿，可遵医嘱使用非甾体类抗炎药等药物进行治疗，可以减轻炎症反应，缓解疼痛，也可遵医嘱使用一些促进关节软骨修复的药物，以改善膝关节的功能。
4、手术治疗：当腘窝囊肿较大、症状严重或保守治疗无效时，手术是主要的治疗方法。手术可切除囊肿，同时修复关节内的病变组织。对于合并有半月板损伤、滑膜增生等情况的患者，在切除囊肿的同时进行相应的处理，可降低复发率。
5、康复治疗：无论采用何种治疗方法，术后的康复治疗都非常重要，包括膝关节的功能锻炼、肌肉力量训练等，进行股四头肌等长收缩、直腿抬高练习等，可以增强膝关节的稳定性，促进康复。
患者应避免长时间站立或行走，减少膝关节的压力，注意膝关节的保暖，避免受寒，适当进行体育锻炼，但要避免剧烈运动和过度劳累，控制体重，减轻膝关节的负担，定期复查，如有不适及时就医。