月经干净三天同房怀孕的概率较低，但并非绝对不会怀孕，具体取决于月经周期长度、排卵时间及精子存活时间，不能完全排除受孕可能。
怀孕的发生需要精子与卵子结合形成受精卵，再着床于子宫。月经干净三天，多数女性处于卵泡发育早期，卵巢尚未排出卵子，此时同房，精子进入女性体内后，因没有卵子与之结合，自然受孕的概率较低，这也是该时期被认为是相对安全期的原因。
但相对安全期并非绝对安全，其受孕概率低的前提是月经周期规律、排卵时间稳定。若女性月经周期较短，如22-25天，月经持续时间较长，如7天左右，那么月经干净三天后，可能已接近排卵期，此时卵巢可能即将排出卵子，同房后精子可在女性体内存活2-3天，有可能与后续排出的卵子相遇，导致受孕。
精子的存活时间也是影响受孕的关键因素。精子进入女性生殖道后，在适宜的环境下可存活2-3天，少数情况下可存活更长时间。若月经干净三天同房，而女性在同房后2-3天内排卵，存活的精子就可能与卵子结合，形成受精卵，进而导致怀孕，这种情况在月经周期不规律的女性中更易发生。
此外，部分女性可能存在偶发排卵或额外排卵的情况，即排卵时间提前、推迟，甚至在安全期内出现额外排卵，这种不可预测的排卵情况，会让月经干净三天同房的受孕概率增加，无法完全排除受孕可能。因此，不能仅凭月经干净三天这一时间点，就判断绝对不会怀孕。
月经干净三天同房的受孕概率虽低，但并非绝对安全，其安全性主要依赖于月经周期的规律性和排卵时间的稳定性。对于月经周期不规律的女性，排卵时间波动较大，相对安全期的避孕效果会大幅下降，更易出现意外受孕的情况。
月经干净后三天是排卵期吗？
- 月经干净后三天通常不是排卵期，多数女性的排卵期集中在下次月经来潮前14天左右，月经干净后三天仍处于卵泡发育阶段，尚未达到排卵条件。
- 对于月经周期规律的女性，如28天周期，月经持续5-7天，月经干净后三天，大概处于月经周期的第8-10天，此时卵巢内的卵泡仍在发育，尚未成熟排出，因此不属于排卵期。
- 若女性月经周期较短，如22-25天，月经持续时间较长，如7天，月经干净后三天，可能接近排卵期，但通常仍未进入排卵期，此时卵泡虽已发育，但尚未达到成熟排出的状态。
- 少数情况下，若女性存在偶发排卵或排卵提前，月经干净后三天可能进入排卵期，但这种情况较为少见，多数女性的排卵期仍集中在下次月经来潮前14天左右，月经干净后三天仍属于相对安全期。