脚跖疣在少数情况下可能自愈，但大多数情况还是需要经过正规的治疗才能根治，在治疗过程中，患者应根据自身情况和医生的建议选择合适的治疗方法，并注意日常护理与预防工作，以减少复发风险。
- 脚跖疣在部分特定条件下有可能自行消退，通常发生在病毒毒力较弱、患者自身抵抗力较强，且受损处皮肤组织能够自行清除异常增生的肿物时。这种情况相对少见，且多发生在儿童身上，儿童的新陈代谢通常比成人更快自我恢复能力更强。尽管有自愈的可能性，但绝大多数的脚跖疣还是需要经过正规的治疗才能根治，特别是对于脚部多汗、跖骨异常或免疫系统功能较弱的患者，自愈的可能性更低。
- 病毒的毒力是影响自愈的重要因素，如果病毒的毒力较弱，对皮肤的损害就会相对较小，自愈的可能性也就相对较高。患者自身的抵抗力也是决定自愈可能性的关键因素，如果患者的免疫系统功能强大，就能够更好地抵御病毒的侵袭，促进受损皮肤的恢复。受损皮肤组织的恢复能力也是影响自愈的重要因素，如果皮肤组织能够迅速地将异常增生的肿物清除掉，自愈的可能性就会增加。
- 对于无法自愈的脚跖疣，常见的物理治疗包括冷冻、激光等，这些方法可以破坏疣体组织，从而达到去除跖疣的目的。药物治疗也是治疗脚跖疣的重要手段，常用的药物包括抗病毒药物、角质层软化剂和细胞毒药物等，这些药物可以抑制病毒复制，促进角质层脱落和局部血液循环，从而达到去除跖疣的目的。
患者应保持足部清洁干燥，避免长时间处于潮湿环境中，以减少病毒滋生的机会，并且避免用手抓挠患处，以免出现皮肤破损的情况，容易引发感染并加重病情。