功能性消化不良治疗核心是缓解症状、调节胃肠功能、改善生活质量，需结合药物治疗、生活干预，避免盲目用药，遵循个体化方案。
1、生活方式干预：饮食上调整结构，减少高纤维、易产气食物摄入，规律进餐；作息规律，避免熬夜和过度劳累；情绪管理，必要时寻求心理疏导，缓解焦虑，减少情绪对胃肠功能的影响。
2、其他辅助治疗：益生菌调节肠道菌群，改善胃肠微生态，辅助缓解症状；针灸、按摩等物理治疗，可促进胃肠蠕动，作为辅助手段。
3、对症药物治疗：促胃肠动力药，如莫沙必利、多潘立酮，适合餐后饱胀、嗳气明显者，促进胃肠蠕动，餐前服用效果更佳；抑酸药，如奥美拉唑、雷贝拉唑，适合上腹烧灼感、反酸者，抑制胃酸分泌，缓解不适；助消化药，如乳酶生片、健胃消食口服液，辅助消化，改善食欲。
治疗需避免过度依赖药物，以生活干预为基础，症状缓解后逐步减药，长期坚持健康习惯，才能减少复发。