益生菌的服用时间并没有严格的规定，可以根据个人情况和需求选择合适的时间段，可以饭后服用，也可以选择随餐服用、空腹或睡前服用。
1、饭后服用：饭前胃酸的pH值可以达到2-3，强酸性环境对一般微生物蛋白质有一定的损坏作用。饭后由于食物的中和作用，胃酸的pH值会升高，对益生菌的损害会减弱，从而有利于益生菌的存活和发挥作用。饭后服用益生菌可以随着食物一起进入肠道，更容易在肠道内定植并发挥作用。
2、随餐服用：在吃饭的同时服用益生菌，可以降低胃内的酸度，对益生菌起到保护作用，食物中的纤维素等成分，也有助于益生菌在肠道内的生长和繁殖。
3、空腹或睡前服用：虽然空腹或睡前服用益生菌并不是主要推荐，但对于部分特定人群或特定情况下，也可能有一定的适用性。对于需要快速补充益生菌的人群，空腹服用可能更有助于益生菌的快速到达肠道，睡前服用则有助于在整个夜间为肠道提供有益的微生物。
益生菌是具有活性的微生物，使用过热的水冲服会破坏活性，在服用益生菌时，应使用温水冲服。抗生素会杀死或抑制 益生菌的活性，应避免与抗生素同时服用，如果必须服用抗生素，应与益生菌的服用时间至少间隔2小时以上。在服用益生菌期间，应注意饮食调整，避免过多摄入辛辣、油腻等刺激性食物，以免对肠道造成刺激和负担。