手指甲出现凹陷可能是多种原因造成的，如长期接触刺激性物质、真菌感染、外伤、营养不良、甲状腺功能减退症等，如果指甲凹陷持续不缓解或者伴有其他症状，应及时就医，查明原因并进行相应的治疗。
1、长期接触刺激性物质：经常接触肥皂、洗涤剂、有机溶剂等刺激性物质，会对指甲造成损害。这些物质可能破坏指甲的表面结构，使指甲变得脆弱，容易出现凹陷。
2、真菌感染：手指甲受到真菌感染，也可能导致指甲变形、增厚、变色以及出现凹陷，真菌感染通常是由于不注意个人卫生，或者与感染者共用指甲剪等物品引起的。
3、外伤：手指甲受到严重的外伤，如被重物砸伤、夹伤等，可能会破坏指甲的生长基质，导致指甲出现凹陷，指甲的恢复可能需要较长时间。
4、营养不良：如果身体缺乏某些重要的营养物质，如蛋白质、铁、锌、维生素A、B族维生素等，可能会影响指甲的正常生长，导致指甲出现凹陷。缺铁可引起匙状甲，表现为指甲中央凹陷，边缘翘起。
5、甲状腺功能减退症：一些全身性疾病也可能影响指甲的健康，导致指甲凹陷，如甲状腺功能减退症，患者的新陈代谢减慢，可能会影响指甲的生长速度和质量，出现指甲凹陷等异常表现。
如果发现手指甲有凹陷，不要惊慌，首先要审视自己的生活习惯，是否存在营养不均衡、接触刺激性物质等情况。要注意个人卫生，避免真菌感染，若凹陷情况持续不改善或伴有疼痛、变色等症状，应尽快就医，以便明确病因。